Informacja

Publicznie dostępne zasoby do nauki metagenomiki

Publicznie dostępne zasoby do nauki metagenomiki


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

W naszej grupie badawczej rozpoczynamy projekt metagenomiczny, którego celem jest badanie mikrobioty w drogach oddechowych. Ponieważ nie ma jeszcze książek o metagenomice, wydaje się, że czytanie niektórych recenzji i samouczków online jest jedyną alternatywą.

Czy mógłbyś zasugerować mi niezbędne artykuły, strony internetowe lub inne zasoby przydatne dla moich celów.

Dziękuję


Kursy Coursera Bioinformatic Methods obejmują zajęcia z metagenomiki i, co ważniejsze, narzędzi do wykorzystania podczas stosowania tych metod. Nie brałem udziału w tym konkretnym kursie, ale Coursera jest ogólnie bardzo dobra w zdobywaniu praktycznego doświadczenia przy użyciu narzędzi obliczeniowych. Nauce grupowej może sprzyjać również otoczenie przypominające kurs.


W artykule porównano wiele różnych narzędzi do różnych części analizy w metagenomice. Jest to kompleksowe badanie, w którym wzięło udział kilka laboratoriów.

Musisz wziąć pod uwagę, że niekoniecznie najpopularniejsze narzędzia są najlepsze. A ostatecznie będzie to zależało od tego, czego chcesz i jak to zrobisz.


Granice w genetyce

Afiliacje redaktora i recenzentów są najnowsze podane w ich profilach badawczych Loop i mogą nie odzwierciedlać ich sytuacji w momencie recenzji.



PODZIEL SIĘ

Katalogi portali danych i agregatorów

Chociaż można znaleźć oddzielne portale, które gromadzą zestawy danych na różne tematy, istnieją duże agregatory i katalogi zestawów danych, które wykonują głównie dwie rzeczy:

1. Podaj linki do innych konkretnych portali danych. Przykładami takich katalogów są opisane poniżej DataPortals i OpenDataSoft. Usługa nie zapewnia bezpośredniego dostępu do danych. Zamiast tego umożliwia użytkownikom przeglądanie istniejących portali z zestawami danych na mapie, a następnie używanie tych portali do drążenia do pożądanych zestawów danych.

2. Agreguj zbiory danych od różnych dostawców. Dzięki temu użytkownicy mogą znaleźć dane dotyczące zdrowia, populacji, energii, edukacji i wielu innych zbiorów danych od otwartych dostawców w jednym miejscu – wygodnie.

Przyjrzyjmy się najpopularniejszym przedstawicielom tej grupy.

DataPortals: metabaza z 524 portalami danych

Nazwa domeny tej witryny mówi wszystko. DataPortals posiada linki do 588 portali danych na całym świecie.

Źródła danych są wymienione w porządku alfabetycznym według miasta lub regionu. Każdy portal jest krótko opisany za pomocą tagów (poziom regionalny/lokalny, krajowy, oficjalny UE, Berlin, OSM, finanse itp.)

Użytkownicy mogą wnosić wkład do metabazy, niezależnie od tego, czy wniesienie wiąże się z dodaniem nowej funkcji i portalu danych, zgłoszeniem błędu na GitHub, czy dołączeniem do zespołu projektowego jako redaktor.

OpenDataSoft: mapa z ponad 2600 portalami danych

Rejestr portali otwartych danych przez OpenDataSoft robi wrażenie – zespół firmy zgromadził ich ponad 2600. Strona główna zawiera interaktywną mapę z możliwością powiększania, umożliwiającą użytkownikom wyszukiwanie danych z organizacji zlokalizowanych w interesującym regionie.

Możesz również odwiedzić tę stronę, aby przeglądać źródła w wykazie, które są pogrupowane według krajów, wydawców zbiorów danych, nazw zbiorów danych, tematów lub typologii (sektor publiczny lub poziom krajowy).

OpenDataSoft świadczy usługi zarządzania danymi poprzez budowę portali danych. Dzięki tej platformie klienci publikują, utrzymują, przetwarzają i analizują swoje dane.

Osoby, które chcą dodać swój portal do rejestru, muszą złożyć formularz.

Knoema: dom dla prawie 3,2 miliarda danych szeregów czasowych obejmujących 1040 tematów z ponad 1200 źródeł

Ta wyszukiwarka została zaprojektowana specjalnie z myślą o danych liczbowych z ograniczonymi metadanymi — tego typu dane są potrzebne specjalistom w swoich projektach uczenia maszynowego. Knoema posiada największy zbiór publicznie dostępnych danych i statystyk w sieci, twierdzą jej przedstawiciele. Użytkownicy mają dostęp do blisko 3,2 miliarda danych szeregów czasowych obejmujących 1040 tematów pozyskanych z ponad 1200 źródeł, informacje są aktualizowane codziennie.

Knoema oferuje kilka wydajnych opcji eksploracji danych:

  • panel wyszukiwania na stronie głównej,
  • World Data Atlas ze zbiorami danych pogrupowanymi według krajów, źródeł, wskaźników, a także innych danych, takich jak zmiana wartości towarów lub grupy hrabstw, oraz
  • sekcja Biuletyn Danych z najnowszymi wydaniami nowych zestawów danych i aktualizacjami istniejących źródeł.

Zbiory danych są również wymienione w porządku alfabetycznym.

Opcje eksploracji danych w Knoema

Analitycy danych mogą analizować dane online w tabelach i wykresach, pobierać je jako plik CSV lub Excel lub eksportować jako wizualizację. Poza tym użytkownicy Knoema mogą uzyskać dostęp do danych przez API. Obsługiwane języki to Python, C# i R, format JSON i SDMX – standard wymiany danych statystycznych i metadanych – są również obsługiwane.

Jednak eksport nie jest bezpłatny i dostępny dla użytkowników z planami profesjonalnymi lub korporacyjnymi.


Przypisy

Elektroniczne materiały uzupełniające są dostępne online pod adresem https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.5095997.

Opublikowane przez Royal Society na warunkach licencji Creative Commons Attribution License http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/, która zezwala na nieograniczone użytkowanie, pod warunkiem podania oryginalnego autora i źródła.

Bibliografia

2014 Prekolumbijskie genomy prątków ujawniają foki jako źródło ludzkiej gruźlicy Nowego Świata. Natura 514, 494-497. (doi:10.1038/nature13591) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2015 XVIII-wieczne genomy pokazują, że w czasie szczytu gruźlicy w Europie powszechne były infekcje mieszane. Nat. Komunia. 6, 6717. (doi:10.1038/ncomms7717) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Brytyjskie wiewiórki rude w 2019 roku pozostają jedynym znanym dzikim żywicielem pałeczek trądu. Z przodu. Weterynarz. Nauka. 6, 8. (doi:10.3389/fvets.2019.00008) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2018 Starożytne genomy ujawniają dużą różnorodność Mycobacterium leprae w średniowiecznej Europie. PLoS Patog. 14, e1006997. (doi:10.1371/journal.ppat.1006997) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Zhou Z, Alikhan N-F, Mohamed K, Fan Y, grupa AS, Achtman M

. 2020 Poradnik użytkownika EnteroBase ze studiami przypadków dotyczącymi Salmonella transmisje, Yersinia pestis filogeneza i Escherichia podstawowa różnorodność genomowa . Genom Res. 30, 138-152. (doi:10.1101/gr.251678.119) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2011 Projekt genomu Yersinia pestis od ofiar Czarnej Śmierci. Natura 478, 506-510. (doi:10.1038/nature10549) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2015 Wczesne rozbieżne szczepy Yersinia pestis w Eurazji 5000 lat temu. Komórka 163, 571-582. (doi:10.1016/j.cell.2015.10.09) Odniesienie, PubMed, ISI, Google Scholar

2018 137 Starożytne ludzkie genomy z całych stepów euroazjatyckich . Natura 557, 369-374. (doi:10.1038/s41586-018-0094-2) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

2019 Starożytny Yersinia pestis genomy z całej Europy Zachodniej ujawniają wczesną dywersyfikację podczas pierwszej pandemii (541–750). Proc. Natl Acad. Nauka. USA 116, 12 363-12 372. (doi:10.1073/pnas.1820447116) Odsyłacz, ISI, Google Scholar

2019 Filogeografia drugiej pandemii dżumy ujawniona dzięki analizie historycznej Yersinia pestis genomy . Nat. Komunia. 10, 4470. (doi:10.1038/s41467-019-12154-0) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2018 Analiza Pangenomu starożytności i współczesności Salmonella enterica wykazuje stabilność genomową inwazyjnej linii Para C przez tysiąclecia. Aktualn. Biol. 28, 2420-2428. (doi:10.1016/j.cub.2018.05.058) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2018 Salmonella enterica genomy ofiar wielkiej XVI-wiecznej epidemii w Meksyku. Nat. Ek. Ewol. 2, 520-528. (doi:10.1038/s41559-017-0446-6) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

2020 Pojawienie się specyficznego dla człowieka Salmonella enterica wiąże się z procesem neolityzacji. Nat. Ek. Ewol. 4, 324-333. (doi:10.1038/s41559-020-1106-9) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2014 Zdrowie jamy ustnej i jego konsekwencje u ludzi z późnego plejstocenu w zachodniej Eurazji. Praca doktorska, St. Louis, MO: Washington University. Google Scholar

. 2010 Zdrowie i kruchość jamy ustnej na średniowiecznym angielskim cmentarzu St Mary Graces. Jestem. J. Fiz. Antropol. 142, 341-354. (doi:10.1002/ajpa.21228) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2019 Subkontynent próchnicy: występowanie i nasilenie od wczesnego holocenu do niedawnych Afrykanów . Antropol dentystyczny. 32, 22-29. (doi:10.26575/daj.v32i2.285) Odsyłacz, Google Scholar

Towle I, irlandzki JD, De Groote I, Fernée C

. 2019 Próchnica zębów w ewolucji człowieka: częstotliwość zmian próchnicowych u południowoafrykańskich homininów kopalnych. BioRxiv 597385. (doi:10.1011/597385) Google Scholar

2013 Sekwencjonowanie starożytnej, zwapnionej płytki nazębnej pokazuje zmiany w mikrobiocie jamy ustnej wraz ze zmianami dietetycznymi rewolucji neolitycznej i przemysłowej. Nat. Genet. 45, 450-455. (doi:10.1038/ng.2536) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2014 Patogeny i odporność gospodarza w starożytnej jamie ustnej człowieka . Nat. Genet. 46, 336-344. (doi:10.1038/ng.2906) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Warinner C, Speller C, Collins MJ

. 2015 Nowa era w paleomikrobiologii: perspektywy starożytnego kamienia nazębnego jako długofalowego zapisu mikrobiomu jamy ustnej człowieka . Phil. Przeł. R. Soc. b 370, 20130376. (doi:10.1098/rstb.2013.0376) Link, ISI, Google Scholar

2019 Różnice mikrobiologiczne między płytką nazębną a historycznym kamieniem nazębnym są związane z etapem dojrzewania biofilmu w jamie ustnej. Mikrobiom 7, 102. (doi:10.1186/s40168-019-0717-3) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2014 Solidny kod kreskowy SNP do pisania Prątek gruźlicy złożone szczepy. Nat. Komunia. 5, 4812. (doi:10.1038/ncomms5812) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2016 Ile lat mają patogeny bakteryjne? Proc. Biol. Nauka. 283, 1836. (doi:10.1098/rspb.2016.0990) ISI, Google Scholar

Alikhan N-F, Zhou Z, Sierżant MJ, Achtman M

. 2018 Genomowy przegląd struktury populacji Salmonella . PLoS Genet. 14, e1007261. (doi:10.1371/journal.pgen.1007261) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2005 Ekologia mikrobiologiczna przyzębia . Periodontologia 38, 135-187. (doi:10.1111/j.1600-0757.2005.00107.x) Odniesienie, ISI, Google Scholar

Socransky SS, Haffajee AD, Cugini MA, Smith C, Kent RL

. 1998 Kompleksy drobnoustrojów w płytce poddziąsłowej. J. Clin. Periodontol. 25, 134-144. (doi:10.1111/j.1600-051X.1998.tb02419.x) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

2019 Rozległa niezbadana różnorodność ludzkiego mikrobiomu ujawniona przez ponad 150 000 genomów z metagenomów obejmujących wiek, geografię i styl życia. Komórka 176, 649-662. (doi:10.1016/j.cell.2019.01.001) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Nayfach S, Shi ZJ, Seshadri R, Pollard KS, Kyrpides NC

. 2019 Nowe spostrzeżenia z nieuprawianych genomów globalnego mikrobiomu jelitowego człowieka. Natura 568, 505-510. (doi:10.1038/s41586-019-1058-x) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Velsko IM, Frantz LAF, Herbig A, Larson G, Warinner C

. 2018 Wybór odpowiednich klasyfikatorów taksonomicznych metagenomu do badań mikrobiomu starożytnego. mSystemy 3, e00080-18. (doi:10.1128/mSystems.00080-18) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2017 Kompleksowe testy porównawcze i podejścia zespołowe dla klasyfikatorów metagenomicznych . Biol genomowy. 18, 182. (doi:10.1186/s13059-017-1299-7) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2017 Krytyczna ocena interpretacji metagenomu — wzorzec oprogramowania do metagenomiki obliczeniowej . Nat. Metody 14, 1063-1071. (doi:10.1038/nmeth.4458) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Zhou Z, Luhmann N, Alikhan N-F, Pigwa C, Achtman M

. 2018 Dokładna rekonstrukcja szczepów drobnoustrojów z sekwencjonowania metagenomicznego przy użyciu reprezentatywnych genomów referencyjnych . w RECOMB 2018 , s. 225-240. Cham, Szwajcaria : Springer . Google Scholar

Cribdon B, Ware R, Smith O, Gaffney V, Allaby RG.

2020 PIA: dokładniejsze przypisanie taksonomiczne danych metagenomicznych wykazane na sedaDNA z Morza Północnego. Z przodu. Ek. Ewol. 8, 84. (doi:10.3389/fevo.2020.0084) Crossref, ISI, Google Scholar

Konstantinidis KT, Tiedje JM

. 2005 Genomowe spostrzeżenia, które posuwają naprzód definicję gatunku prokariontów. Proc. Natl Acad. Nauka. USA 102, 2567-2572. (doi:10.1073/pnas.0409727102) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

Jain C, Rodriguez R, Phillippy AM, Konstantinidis KT, Aluru S

. 2018 Wysokowydajna analiza ANI 90 tys. genomów prokariotycznych ujawnia wyraźne granice gatunków. Nat. Komunia. 9, 5114. (doi:10.1038/s41467-018-07641-9) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2018 Minimap2: dopasowanie parami dla sekwencji nukleotydowych . Bioinformatyka 34, 3094-3100. (doi:10.1093/bioinformatics/bty191) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2014 RAxML wersja 8: narzędzie do analizy filogenetycznej i późniejszej analizy dużych filogenezy . Bioinformatyka 30, 1312-1313. (doi:10.1093/bioinformatics/btu033) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Zhou Z, Alikhan N-F, Sierżant MJ, Luhmann N, Vaz C, Francisco AP, Carrico JA, Achtman M

. 2018 GrapeTree: wizualizacja podstawowych relacji genomowych wśród 100 000 patogenów bakteryjnych . Genom Res. 28, 1395-1404. (doi:10.1101/gr.232397.117) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Abranches J, Zeng L, Kajfasz JK, Palmer SR, Chakraborty B, Wen ZT, Richards VP, Brady LJ, Lemos JA

. 2019 Biologia paciorkowców jamy ustnej . w Patogeny Gram-dodatnie (wyd.

Fischetti VA, Novick RP, Ferretti JJ, Portnoy DA, Braunstein M, Rood JI

), s. 426-434. Waszyngton, DC: ASM Press. Odniesienie, Google Scholar

Johansson I, Witkowska E, Kaveh B, Lif HP, Tanner AC

. 2016 Mikrobiom w populacjach o niskiej i wysokiej częstości występowania próchnicy . J. Dent. Res. 95, 80-86. (doi: 10,1177/0022034515609554) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2015 Badanie podłużne występowania próchnicy zębów związanej z Streptococcus mutans oraz Streptococcus sobrinus u pacjentów z niepełnosprawnością intelektualną . BMC Zdrowie jamy ustnej 15, 102. (doi:10.1186/s12903-015-0087-6) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2018 Różnicowa konserwacja endogennego ludzkiego i drobnoustrojowego DNA w kamieniu nazębnym i zębinie . Nauka. Reprezentant. 8, 9822. (doi:10.1038/s41598-018-28091-9) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2018 Ekologia mikrobiomu płytki naddziąsłowej i potencjał funkcjonalny w kontekście zdrowia i choroby . MBio 9, e01631-18. (doi:10.1128/mBio.01631-18) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

2015 Dynamiczne zmiany mikrobiomu poddziąsłowego i ich potencjał w diagnostyce i prognozowaniu chorób przyzębia . MBio 6, e01926-14. (doi:10.1128/mbio.01926-14) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2012 Głębokie sekwencjonowanie mikrobiomu jamy ustnej ujawnia sygnatury chorób przyzębia. PLoS ONE 7, e37919. (doi:10.1371/journal.pone.0037919) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

McLean JS, Liu Q, Thompson J, Edlund A, Kelley S

. 2015 Szkic sekwencji genomu ‘Candidatus Bacteroides periocalifornicus”, nowy członek Bakteriorodki typ znaleziony w mikrobiomie jamy ustnej pacjentów z zapaleniem przyzębia. Zapowiedź genomu. 3, e01485-15. (doi:10.1128/genomeA.01485-15) Crossref, PubMed, Google Scholar

2015 Mikrobiomy jamy ustnej i jelit ulegają zaburzeniu w reumatoidalnym zapaleniu stawów i częściowo normalizują się po leczeniu. Nat. Med. 21, 895-905. (doi:10.1038/nm.3914) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Wang J, Jia Z, Zhang B, Peng L, Zhao F

. 2019 Śledzenie akumulacji in vivo ludzka mikroflora jamy ustnej wyjaśnia dynamikę społeczności drobnoustrojów na wejściu do przewodu pokarmowego. Jelito 69, 1355-1356. (doi:10.1136/gutjnl-2019-318977) Odniesienie, PubMed, Google Scholar

Marotz CA, Sanders JG, Zuniga C, Zaramela LS, Knight R, Zengler K

. 2018 Poprawa metagenomiki shotguna śliny poprzez zubożenie chemicznego DNA gospodarza. Mikrobiom 6, 42. (doi:10.1186/s40168-018-0426-3) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2017 Metagenomiczna i metatranskryptomiczna analiza śliny ujawnia związaną z chorobą mikrobiotę u pacjentów z paradontozą i próchnicą . Biofilmy NPJ Mikrobiomy 3, 23. (doi:10.1038/s41522-017-0031-4) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Lassalle F, Spagnoletti M, Fumagalli M, Shaw L, Dyble M, Walker C, Thomas MG, Bamberg MA, Balloux F

. 2018 Mikrobiomy jamy ustnej pochodzące od łowców-zbieraczy i tradycyjnych rolników ujawniają zmiany w równowadze komensalnej i obciążeniu patogenami związanymi z dietą . Mol. Ek. 27, 182-195. (doi:10.1111/mec.14435) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2017 Dobowe wahania składu mikrobiologicznego i funkcjonalnego w mikrobiomie ślinowym człowieka. DNA Res. 24, 261-270. (doi:10.1093/dnares/dsx001) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2019 Przenoszenie mikroflory związanej z człowiekiem przez sieci rodzinne i społecznościowe . Nat. Mikrobiol. 4, 964-971. (doi:10.1038/s41564-019-0409-6) Odsyłacz, PubMed, ISI, Google Scholar

2014 Odniesienie się do metatranskryptomu i metagenomu ludzkiego jelita . Proc. Natl Acad. Nauka. USA 111, E2329-E2338. (doi:10.1073/pnas.1319284111) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2017 Zachowanie, dieta i choroby neandertalczyków wywnioskowane ze starożytnego DNA w kamieniu nazębnym. Natura 544, 357-361. (doi:10.1038/nature21674) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Becht E, McInnes L, Healy J, Dutertre CA, Kwok IWH, Ng LG, Ginhoux F, Newell EW

. 2019 Redukcja wymiarowości do wizualizacji danych jednokomórkowych za pomocą UMAP . Nat. Biotechnologia. 37, 38-44. (doi:10.1038/nbt.4314) Crossref, ISI, Google Scholar

Lefort V, Desper R, Gascuel O

. 2015 FastME 2.0: kompleksowy, dokładny i szybki program wnioskowania filogenetycznego na podstawie odległości . Mol. Biol. Ewol. 32, 2798-2800. (doi:10.1093/molbev/msv150) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2000 Prawdopodobieństwa dla maszyn SV . w Postępy w klasyfikatorach o dużej marży (red. Smola AJ, Bartlett P, Schölkopf B, Schuurmans D). Boston, MA: MIT Press. Google Scholar

Zhou Z, Charlesworth J, Achtman M

. W druku.Dokładna rekonstrukcja bakteryjnych genomów pan- i rdzeniowych za pomocą PEPPAN. Genom Res. Google Scholar

. 2015 Rozwiązywanie etiologii próchnicy zębów . Trendy Mikrobiol. 23, 76-82. (doi:10.1016/j.tim.2014.10.010) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Richards wiceprezes, Alvarez AJ, Luce AR, Bedenbaugh M, Mitchell ML, Burne RA, Nascimento MM

. 2017 Mikrobiomy płytek nazębnych typu site-specific od dzieci z różnym stanem próchnicy . Infekować. Odporność. 85, e00106–17. (doi:10.1128/IAI.00106-17). Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Bowen WH, Burne RA, Wu H, Koo H

. 2018 Biofilmy jamy ustnej: patogeny, macierz i interakcje wielodrobnoustrojowe w mikrośrodowiskach . Trendy Mikrobiol. 26, 229-242.(doi:10.1016/j.tim.2017.09.008) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2018 Czy paciorkowce mutans są nadal uważane za istotne dla zrozumienia etiologii mikrobiologicznej próchnicy zębów? BMC Zdrowie jamy ustnej 18, 129. (doi:10.1186/s12903-018-0595-2) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Jonsson H, Ginolhac A, Schubert M, Johnson PL, Orlando L

. 2013 mapDamage2.0: szybkie przybliżone szacunki bayesowskie parametrów uszkodzeń starożytnego DNA . Bioinformatyka 29, 1682-1684. (doi:10.1093/bioinformatics/btt193) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2013 Genomika ewolucyjna i populacyjna wnęki wywołującej bakterie Streptococcus mutans . Mol. Biol. Ewol. 30, 881-893. (doi:10.1093/molbev/mss278) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Fonkou MDM, Dufour J-C, Dubourg G, Raoult D.

2018 Repertuar gatunków bakterii wyhodowanych z jamy ustnej i dróg oddechowych człowieka. Przyszły mikrobiol. 13, 1611-1624. (doi:10.2217/fmb-2018-0181) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

. 2008 Występowanie i dystrybucja głównych patogenów przyzębia na świecie . J. Clin. Periodontol. 35, 346-361. (doi:10.1111/j.1600-051X.2008.01280.x) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

Ondov BD, Treangen TJ, Melsted P, Mallonee AB, Bergman NH, Koren S, Phillippy AM

. 2016 Mash: szybkie szacowanie odległości genomu i metagenomu przy użyciu MinHash . Biol genomowy. 17, 132. (doi:10.1186/s13059-016-0997-x) Crossref, PubMed, ISI, Google Scholar

2011 Scikit-learn: uczenie maszynowe w Pythonie . J. Uczenie maszynowe Res. 12, 2825-2830. ISI, Google Scholar

Guyon I, Weston J, Barnhill S, Vapnik V

. 2002 Selekcja genów do klasyfikacji raka przy użyciu maszyn wektorów nośnych. Nauczanie maszynowe 46, 389-422. (doi:10.1023/A:1012487302797) Odniesienie, ISI, Google Scholar


Wyniki

W sumie 4791 mikromacierzy pogrupowano w osiem jednostek nowotworowych (cztery guzy lite z łącznie 1958 macierzami i cztery guzy hemiczne z łącznie 2833 macierzami). Minimalna wielkość próbki to 177 macierzy dla sond od pacjentów z CLL, maksymalna wielkość próbki to 1834 macierzy dla tkanki raka sutka (patrz Tabela 2). Informacje o fenotypie poszczególnych sond nowotworowych są bardzo skąpe i nie są uwzględniane w poniższej analizie.

Rycina 2 przedstawia SHD dla wszystkich sześciu kombinacji guzów litych (czerwone trójkąty), wszystkich sześciu kombinacji guzów hemicznych (czarne trójkąty) oraz dla wszystkich 16 kombinacji hema-solid (niebieskie trójkąty), gdy obliczono wykresy warunkowej niezależności dla każdej jednostki i w porównaniu przez SHD.

SHD w pojedynczych ścieżkach do porównań w obrębie guzów litych (czarny), guzów krwiotwórczych (czerwony) i między grupami (niebieski).

W żadnej ścieżce nie ma oczywistych dowodów na to, że SHD dla porównania między grupami (hemiczny/solidny) jest większy niż SHD dla porównania wewnątrzgrupowego (hemiczny/hemiczny lub lity/płynny).

Porównanie w obrębie guzów litych można podsumować w następujący sposób. Utrzymuje, że porównanie sutka-okrężnica (liczba tablic: 1834/197) jest odrębne tylko dla szlaku sygnałowego Wnt (04310). Porównanie piersi z płucami (liczba tablic: 1834/386) skutkuje dla większości szlaków wyraźną różnicą, z wyjątkiem szlaku AML (05221) i szlaku naprawy niedopasowania (03430). Porównanie piersi i prostaty (liczba tablic: 1834/416) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice dla szlaku sygnałowego p53 (04115), szlaku interakcji ECM-receptor (04512), szlaku AML (05221), szlak komórek raka płuc (05223) i szlak naprawy niedopasowania (03430). Porównanie okrężnicy i płuca (liczba tablic: 197/386) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice dla szlaku interakcji ECM-receptor (04512), szlaku AML (05221) i szlaku niedrobnokomórkowego raka płuc (05223 ). Porównanie okrężnicy i prostaty (liczba tablic: 197/416) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice dla szlaku sygnalizacji p53 (04115), apoptozy (04210), szlaku interakcji z receptorem ECM (04512), szlaku raka prostaty (05215) , szlak AML (05221), szlak niedrobnokomórkowego raka płuc (05223) oraz szlak naprawy niedopasowania (03430). Porównanie płuc i prostaty (liczba tablic: 386/416) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice w szlaku interakcji ECM-receptor (04512), szlaku niedrobnokomórkowego raka płuc (05223) i szlaku naprawy niedopasowania (03430) .

Porównanie w obrębie guzów hemicznych można podsumować w następujący sposób. Porównanie ALL-AML (liczba tablic: 916/534) pokazuje dla każdego szlaku odrębną strukturę warunkowej korelacji. Porównanie ALL-CLL (liczba tablic: 916/177) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice dla wszystkich szlaków z wyjątkiem cyklu komórkowego (04110). Porównanie ALL-LYM (liczba tablic: 916/331) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice w sygnalizacji p53 (04115), interakcji ECM-receptor (04512), niedrobnokomórkowym raku płuc (05223). Porównanie AML-CLL wykazuje marginalne lub nieistotne różnice w interakcji receptora ECM (04512), raka prostaty (05215), AML (05221), niedrobnokomórkowego raka płuc (05223) i naprawy niedopasowania (03430). Porównanie AML-LYM (liczba tablic: 534/331) pokazuje jedynie ścieżkę naprawy niedopasowania (03430) jako marginalnie istotną. Porównanie CLL-LYM (liczba tablic: 177/331) wykazuje marginalne lub nieistotne różnice w sygnalizacji p53 (04115), interakcji ECM-receptor (04512), raka okrężnicy (05210), raka prostaty (05215), AML (05221) , niedrobnokomórkowy rak płuca (05223) i naprawa niedopasowania (03430).

Tabela 6 w załączniku przedstawia SHD i P-wartości dla porównań między grupami. Dają one charakterystyczne warunkowe struktury korelacji we wszystkich ścieżkach dla większości par. Więcej niż dwa marginalne lub nieistotne Pwartości znajdują się w porównaniach COL-CLL, COL-LYM, LUN-ALL (patrz Tabela 4). Nie znaleziono wyraźnych dowodów na różnicę w porównaniu COL-CLL dla sygnalizacji p53 (04115), apoptozy (04210), interakcji ECM-receptor (04512), raka prostaty (05215), AML (05221), niedrobnokomórkowego płuca rak (05223), sygnalizacja mTOR (04150), naprawa przez wycinanie zasad (03410), naprawa przez wycinanie nukleotydów (03420) i naprawa niedopasowania (03430). Nie znaleziono wyraźnych dowodów na różnicę w porównaniu COL-LYM dla sygnalizacji p53 (04115), interakcji ECM-receptor (04512), raka prostaty (05215), AML (05221), niedrobnokomórkowego raka płuc (05223), Sygnalizacja mTOR (04150) i naprawa niezgodności (03430). Wreszcie, nie znaleziono wyraźnych dowodów na różnicę w porównaniu COL-CLL dla sygnalizacji p53 (04115), apoptozy (04210), interakcji ECM-receptor (04512), raka prostaty (05215), AML (05221), komórkowy rak płuc (05223), sygnalizacja mTOR (04150), naprawa przez wycinanie zasad (03410), naprawa przez wycinanie nukleotydów (03420) i naprawa niedopasowania (03430).

Tabela 4.

Liczba ścieżek z nie dowód na różnicę w warunkowej strukturze korelacji.

Guzy liteGuzy krwiopochodne
BRE
PRZEŁĘCZ
BRE
LUN
BRE
ZAWODOWIEC
PRZEŁĘCZ
LUN
PRZEŁĘCZ
ZAWODOWIEC
LUN
ZAWODOWIEC
WSZYSTKO
AML
WSZYSTKO
CLL
WSZYSTKO
LYM
AML
CLL
AML
LYM
CLL
LYM
12253733123516
Porównanie mieszane
BRE
WSZYSTKO
BRE
AML
BRE
CLL
BRE
LYM
PRZEŁĘCZ
WSZYSTKO
PRZEŁĘCZ
AML
PRZEŁĘCZ
CLL
PRZEŁĘCZ
LYM
LUN
WSZYSTKO
LUN
AML
LUN
CLL
LUN
LYM
ZAWODOWIEC
WSZYSTKO
ZAWODOWIEC
AML
ZAWODOWIEC
CLL
ZAWODOWIEC
LYM
00001210770002020

Jako miarę podobieństwa między jednostkami nowotworowymi używamy liczby ścieżek bez dowodów na różnicową strukturę korelacji warunkowych. Tabela 4 i Rysunek 3 podsumowują sytuację. Tabela 5 przedstawia liczbę porównań między grupami i wewnątrz grup z permutacją P-wartość powyżej 0,1. Najwyżej ocenione szlaki pod względem braku dowodów na różnicę to naprawa niedopasowania (03430), niedrobnokomórkowy rak płuc (05223), AML (05221), interakcja ECM-receptor (04512) i szlak sygnalizacji p53 (04115). Szlaki Cykl komórkowy (04110) i sygnalizacja Wnt (04310) we wszystkich z wyjątkiem jednego porównania wykazują znaczącą różnicę w strukturze warunkowej korelacji.

Podobieństwo między nowotworami pod względem szlaków z nie dowód na różnicę w warunkowej strukturze korelacji.

Tabela 5.

Liczba porównań z nie dowód (p ge 0,1) dla różnicy w warunkowej strukturze korelacji (na ścieżkę).

Ścieżka KEGG IDRazem 28 porównańGuzy lite 6 porównańGuzy hemiczne 6 porównańGuzy mieszane 16 porównań
34103111
34204112
343015546
41101100
411510334
41505113
42105212
43101010
451211542
52102110
52155232
522113535
522313544

Główne podobieństwo między parami jednostek przedstawiono na rysunku 3 . Każdy węzeł reprezentuje jednostkę, a szerokość krawędzi to liczba ścieżek bez dowodów na różnicę. Podobną strukturę szlaku można znaleźć między ALL-CLL, BREAST-COLON i COLON-CLL. W hemicznych jednostkach nowotworowych zauważalne jest podobieństwo między guzami chłonnymi (ALL, CLL, Lymphoma). W jednostkach guza litego istnieje podobieństwo między guzami (piersi, okrężnicy, prostaty) powstającymi w tkankach gruczołów.


Bazy danych

Skorzystaj z naszych baz subskrypcji, aby znaleźć cytaty i artykuły pełnotekstowe. Aby rozpocząć, po prostu kliknij bazę danych, którą chcesz przeszukać. Jeśli jesteś poza biblioteką, może być konieczne wprowadzenie numeru karty bibliotecznej i kodu PIN, aby uzyskać dostęp do bazy danych.

Filtry

Akademicki OneFile

Znajdź recenzowane, pełnotekstowe artykuły z czasopism z dziedziny nauk fizycznych i społecznych, technologii, medycyny, inżynierii, sztuki, literatury i nie tylko. Ponad 18 000 recenzowanych czasopism i ponad 9 200 w pełnym tekście.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

  • Sztuka
  • Pomoc w zadaniach domowych i pomoce naukowe
  • Literatura
  • Medyczny
  • Gazety, czasopisma i czasopisma
  • Badania ogólne
  • Nauki ścisłe
  • Nauki społeczne
  • Technologia
  • Dorośli ludzie
  • Wiek dojrzewania

Wyszukiwarka akademicka – wydanie główne

Zapewnia pełne teksty i recenzowane czasopisma niezbędne na studiach licencjackich i magisterskich. Tematy obejmują biologię, chemię, inżynierię, fizykę, psychologię i religię z ponad 1800 pełnych tekstów i ponad 1200 pełnotekstowych czasopism recenzowanych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Dostęp PA

Portal dostępu do zestawu zasobów dostarczonych przez Wspólnotę Pensylwanii

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Uzyskaj dostęp do wiadomości ze świata

Przeglądaj wydarzenia i problemy na poziomie lokalnym, krajowym i międzynarodowym z ponad 9000 źródeł wiadomości. Obejmuje Philadelphia Tribune, Philadelphia Magazine i 30 innych źródeł wiadomości z obszaru Filadelfii. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Amerykańskie Broadsides i Ephemera

Rzadkie drukowane dokumenty, które wyjaśniają historię i kulturę wcześniejszych Amerykanów. Znajdź ponad 30 000 możliwych do przeszukiwania obrazów drukowanych materiałów, w tym spowiedzi, menu, audycji, programów muzycznych i nie tylko z lat 1760-1900. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Amerykańska piosenka

Posłuchaj ponad 50 000 nagrań z przeszłych amerykańskich piosenek o Indianach, górnikach, imigrantach, niewolnikach, dzieciach, pionierach i kowbojach o prawach obywatelskich, prohibicji, wojnie domowej i nie tylko.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Amerykańskie dokumenty państwowe, 1789-1838

Podstawowy zapis pierwszej dekady Stanów Zjednoczonych. Przeglądaj dokumenty ustawodawcze i wykonawcze pierwszych 14 Kongresów USA i znajdź informacje o najważniejszych wydarzeniach, które ukształtowały Wczesną Republikę. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Historyczne ślady Ameryki

Przeglądaj wieki historii dzięki książkom, broszurom i innym materiałom o kulturze i życiu codziennym. Zawiera: American Broadsides i Ephemera oraz Early American Imprints, Seria I: Evans i Seria II: Shaw-Shoemaker. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Historyczne gazety Ameryki (dawniej Early American Newspapers, Series I 1690-1876)

Przeszukuj wczesne amerykańskie gazety ze wszystkich 50 stanów, opublikowane na przestrzeni trzech stuleci. Znajdź reprodukcje od okładki do okładki ponad 750 w pełni przeszukiwalnych gazet od 1690 r. do niedawnej przeszłości. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Nekrologi i zawiadomienia o śmierci w Ameryce

Zbiór nekrologów prasowych i zawiadomień o śmierci z całego kraju.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Obrazy AP (dawniej AccuNet/AP Multimedia Archive)

Aktualne zdjęcia i wybór zdjęć/obrazów z 50 milionów wydruków i negatywów biblioteki fotografii w Associated Press. Wyszukaj zdjęcie/zdjęcie swojej ulubionej gwiazdy.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Archiwum Americana

Obszerne zbiory historyczne, które tworzą Archive of Americana, zawierają książki, broszury, gazety, dokumenty rządowe i efemerydy.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Archiwum-It

Archive-It to usługa archiwizacji internetowej, która gromadzi i przechowuje strony internetowe agencji rządowych Filadelfii oraz wybranych instytucji kulturalnych. Możesz przeszukiwać lub przeglądać kolekcję, aby wyświetlić te witryny w stanie, w jakim istniały w poprzednich miesiącach lub latach.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Pełny tekst sztuki

Obszerne źródło informacji o sztuce zawierające artykuły pełnotekstowe z 1995 r., wysokiej jakości indeksowanie i abstrahowanie z 1984 r., a także abstrakcje z ponad 13 000 rozpraw artystycznych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Retrospektywa Art Index 1920-1984

Bibliograficzna baza danych gromadząca cytaty z Art Index tomów 1-32 indeksu drukowanego wydanego w latach 1929-1984.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

AskART

Obszerne informacje o ponad 120 000 artystów z całego świata.

Dostępne dla: tylko Biblioteka Centralna Parkway. Odwiedź Dział Sztuki, aby uzyskać dostęp.

Audiobooki z Overdrive

Pobierz audiobooki z Overdrive na komputer PC, Mac lub urządzenie mobilne. Pobierz aplikację Libby, aby pożyczać w podróży. Obejrzyj ten krótki film, aby dowiedzieć się więcej

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Biografia w kontekście

Obszerna internetowa baza danych biograficznych zawierająca 414 000 biografii.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Książki i autorzy

Książki i autorzy odpowiadają na pytanie: Co mam czytać dalej? Przeglądaj autorów, gatunki, książki i tematy, aby odkrywać książki pasujące do Twoich zainteresowań. Przeszukuj ponad 240 000 tytułów beletrystycznych i non-fiction polecanych przez bibliotekarzy.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

  • Biografia i autobiografia
  • Ciało, Umysł i Duch
  • Biznes i Ekonomia
  • Fikcja
  • Literatura
  • Nauki ścisłe
  • Letnie czytanie
  • Dorośli ludzie
  • Wiek dojrzewania
  • Dzieci
  • Nowi Amerykanie
  • Przedsiębiorcy
  • Romans
  • Seniorzy

Podstawy Business Insights

Znajdź pełnotekstowe artykuły i dane statystyczne o firmach i branżach dla właścicieli firm, specjalistów ds. marketingu i inwestorów. Analizuj i porównuj dane finansowe i statystyczne za pomocą interaktywnych narzędzi do tworzenia wykresów. 8900+ czasopism pełnotekstowych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Podręcznik biznesplanów online

Wyszukaj przykładowe biznesplany z wielu różnych firm

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Rejs w karierze

Odkrywaj kariery, odkrywaj swoją wymarzoną pracę, szlifuj swoje umiejętności i nie tylko

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Biblioteka Muzyki Klasycznej

Obszerna baza danych wyróżniających się nagrań klasycznych oferowanych w formacie streamingu. W Bibliotece Muzyki Klasycznej znajdują się również listy odtwarzania antologii powiązane z historią muzyki i podręcznikami uznania.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Akademia kodowania

Naucz się kodować za darmo w Codecademy.

Dostępne dla: Nieograniczony, bezpłatny zasób sieciowy

Współcześni autorzy

Bio-bibliograficzny przewodnik dla współczesnych pisarzy beletrystyki, literatury faktu, poezji, dziennikarstwa, dramatu, filmów, telewizji i innych dziedzin.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Współczesna muzyka świata

Ten zasób obejmuje współczesną i tradycyjną muzykę świata, w tym utwory reggae, worldbeat, neotradycyjne, world fusion, bałkański jazz, afrykański film, Bollywood, arabski swing i jazz oraz inne gatunki.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

CyberSmarts

Zbiór e-booków i zasobów, które uczą dzieci i nastolatków, jak mogą zachować bezpieczeństwo w sieci.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

D&B Global Business Browser (formalnie OneSource: D&B Business Browser Pro)

Znajdź informacje o firmie i badania rynku, w tym raporty RMA i Datamonitor, szczegółowe profile firm i kadry kierowniczej oraz szczegółowe informacje finansowe. Świetne do badań międzynarodowych i międzynarodowych firm.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Słownik biografii literackiej

Eseje biograficzne i krytyczne o życiu, twórczości i karierze najbardziej wpływowych postaci literackich na świecie. Zawiera ponad 16 000 artykułów i tysiące obrazów.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Duolingo

Ucz się hiszpańskiego, angielskiego, francuskiego, niemieckiego, portugalskiego lub włoskiego

Dostępne dla: Nieograniczony, bezpłatny zasób sieciowy

Wczesne amerykańskie odciski, seria I: Evans (1639-1800)

Na podstawie znanej amerykańskiej bibliografii Charlesa Evansa. Ostateczne źródło informacji o każdym aspekcie życia w XVII i XVIII-wiecznej Ameryce. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Wczesne amerykańskie odciski, seria II: Shaw-Shoemaker (1801-1819)

Obejmujący każdy aspekt życia w Ameryce we wczesnych dekadach Stanów Zjednoczonych, ta bogata kolekcja pierwotnych źródeł zapewnia pełnotekstowy dostęp do 36 000 książek, broszur i broszur opublikowanych w latach 1801-1819. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

EBooki z Overdrive

Dostępne w różnych formatach, tutaj znajdziesz kolekcję ebooków Overdrive Biblioteki. Pobierz aplikację Libby, aby pożyczać w podróży. Obejrzyj ten krótki film, aby dowiedzieć się więcej

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

EBooki na EBSCOhost (dawniej NetLibrary)

Około 17 000 książek elektronicznych ze wszystkich dziedzin tematycznych, od kariery przez klasykę po notatki Cliffs.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

ERIC (Centrum Informacji o Zasobach Edukacyjnych)

Indeks materiałów związanych z edukacją

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Rozszerzony akademicki ASAP

Baza czasopism naukowych

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Fread

E-booki do pobrania dla posiadaczy kart bibliotecznych Biblioteka wolna Filadelfii.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Bezpłatny katalog Biblioteki Filadelfii Online Public Access

Katalog Wolnej Biblioteki Kolekcji Filadelfii

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Bezpłatna Biblioteka Zbiorów Biblioteki Cyfrowej Filadelfii

Obrazy historyczne w formacie cyfrowym.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Darmowe podcasty z biblioteki

Bezpłatny Podcast Biblioteczny to łatwy sposób na uczestniczenie w wydarzeniach autorskich i wykładach, które odbywają się w Bibliotece Centralnej. Odwiedź wydarzenia z autorami, aby zobaczyć nadchodzące wydarzenia i informacje.

Dostępne dla: Nieograniczony, bezpłatny zasób sieciowy

Gale eBooks (dawniej Gale Virtual Reference Library)

Przeglądaj ponad 500 literatury faktu, w pełni przeszukiwalnych tytułów referencyjnych. Uzyskaj dostęp do dokładnych informacji o nauce, literaturze, historii, biznesie i nie tylko. Obejrzyj ten film, aby dowiedzieć się więcej

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Gale Health and Wellness (dawniej Health and Wellness Resource Center)

Znajdź dokładne, aktualne informacje na pełen zakres tematów zdrowotnych, od aktualnych chorób i zaburzeń po dogłębne omówienie praktyk medycyny alternatywnej. Uzyskaj dostęp do pełnotekstowych czasopism medycznych, magazynów, prac referencyjnych, multimediów i nie tylko.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Wicher w kontekście | Gimnazjum (dawniej Research in Context)

Wicher w kontekście | Gimnazjum zapewnia wsparcie dla uczniów klas średnich pracujących nad pracami i projektami. Obejmuje pełnotekstowe artykuły z czasopism i wiadomości, multimedia, biografie i źródła podstawowe.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

  • Biografia i autobiografia
  • Informacje rządowe
  • Pomoc w zadaniach domowych i pomoce naukowe
  • Literatura
  • Gazety, czasopisma i czasopisma
  • Badania ogólne
  • Nauki ścisłe
  • Nauki społeczne
  • Wiek dojrzewania
  • Dzieci
  • Historia

Wicher w kontekście | Przeciwstawne punkty widzenia (dawniej przeciwstawne punkty widzenia w kontekście)

Przyjrzyj się wielu stronom najgorętszych dzisiejszych problemów społecznych. Poznaj poglądy, artykuły i infografiki pro/con. Poznaj ten cenny zasób dzięki samouczkowi wideo.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Gale Literary Sources (dawniej Artemis)

Przeszukuj wszystkie bazy danych literatury Gale'a z jednej przestrzeni cyfrowej. Zawiera Słownik biografii literackiej, Coś o autorze, LitFinder, Krytyka literatury online i Centrum zasobów literatury.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Gale OneFile | High School Edition (dawniej InfoTrac Student Edition)

Treści dla uczniów szkół średnich z czasopism, czasopism, gazet, podręczników i multimediów (obrazy, audio, wideo) obejmujące szeroki zakres tematów, od nauk ścisłych, historii i literatury po nauki polityczne, sport i środowisko.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

  • Środowisko i przyroda
  • Pomoc w zadaniach domowych i pomoce naukowe
  • Literatura
  • Gazety, czasopisma i czasopisma
  • Polityka
  • Badania ogólne
  • Nauki ścisłe
  • Sport i rekreacja
  • Dorośli ludzie
  • Wiek dojrzewania
  • Historia

GCF LearnFree

Łatwe do wykonania samouczki dotyczące programów Microsoft Excel, Word i Office, a także podstaw Internetu, mediów społecznościowych i nie tylko. GCF LearnFree oferuje również bezpłatne samouczki z matematyki i czytania.

Dostępne dla: Nieograniczone, bezpłatne zasoby internetowe.

Ogólne OneFile

Szeroka kolekcja artykułów prasowych, czasopism, podręczników, obrazów, materiałów audio i wideo, które wspierają badania i eksplorację zainteresowań ogólnych. Oferując ponad 8800 tytułów pełnotekstowych, z milionami dostępnych artykułów.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

GREENR - Globalne Odniesienie do Środowiska, Energii i Zasobów Naturalnych

GREENR jest interdyscyplinarnym źródłem badań nad środowiskiem i zrównoważonym rozwojem i dostarcza wiadomości, filmy, dokumenty źródłowe i statystyki dotyczące systemów energetycznych, opieki zdrowotnej, żywności, zmian klimatycznych, populacji, rozwoju gospodarczego i nie tylko.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Przepisy i ustawodawstwo dotyczące broni w Ameryce

Ta kolekcja HeinOnline obejmuje ponad 550 periodyków, historie legislacyjne i dokumenty rządowe dotyczące regulacji broni. Zawiera obszerną bibliografię i wyważony dobór źródeł zewnętrznych do dalszych badań.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Gazety historyczne — czarne gazety

Główny materiał źródłowy z dziesięciu historycznych czarnych gazet, w tym Chicago Defender, The Baltimore Afro-American, New York Amsterdam News, Pittsburgh Courier, Los Angeles Sentinel, Atlanta Daily World oraz Cleveland Call and Post

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Archiwum Cyfrowe HistoryMakers

Poznaj największą w kraju kolekcję historii mówionej o Afroamerykanach. Uzyskaj dostęp do wysokiej jakości treści z pierwotnego źródła z w pełni przeszukiwalnymi transkrypcjami od tysięcy osób z różnych środowisk i doświadczeń.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Pomoc w pracy domowej online

Korepetycje online na żywo codziennie od 10:00 do północy dla szkół podstawowych i średnich, uczelni i dorosłych. (hiszpański 14:00 - 2:00) Prześlij próbkę tekstu i uzyskaj informację zwrotną. Obejrzyj ten samouczek wideo

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Hoopla

Przesyłaj filmy, telewizję, muzykę i książki audio bezpośrednio na komputer lub urządzenie mobilne. Te samouczki pokażą Ci, jak najlepiej wykorzystać Hoopla

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Poinformuj akademio

Informe Académico proporciona acceso a periódicos y revistas especializadas de lengua española y portuguesa. Baza danych ofrece una amplia gama de contenidos sobre America Latina. (Pełnotekstowe czasopisma naukowe i czasopisma w języku hiszpańskim i portugalskim.)

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Infotrac Newsstand (dawniej National Newspaper Index)

Zapewnia dostęp do pełnotekstowych gazet i umożliwia użytkownikom natychmiastowe wyszukiwanie artykułów według tytułu, nagłówka, daty, sekcji gazety lub innych pól. Baza danych oferuje kompleksowe źródło aktualnych wiadomości i przeszukiwalnego archiwum

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Wejście

Wkładem był lokalny panel dyskusyjny w Filadelfii, emitowany w niedzielne poranki od 1968 do początku 1971 r.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Biblioteka Muzyki Jazzowej

Biblioteka Muzyki Jazzowej będzie największą i najbardziej wszechstronną kolekcją jazzu dostępną w Internecie.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

JSTOR

Archiwum cyfrowe z archiwami ponad 300 czasopism. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Kanopy

Natychmiastowy dostęp do tysięcy uznanych przez krytyków filmów, filmów dokumentalnych i ulubionych filmów dla dzieci. Przesyłaj strumieniowo do czterech filmów miesięcznie za pomocą karty bibliotecznej. Utwórz konto, aby rozpocząć

Dostępne dla: Wszystkie agencje bezpłatnej biblioteki i Internet z uwierzytelnianiem.

Khan academy

Bezpłatna dla młodych i starszych uczniów, nauczycieli, trenerów, osób uczących się w domu i dla Ciebie, Khan Academy to edukacja online dla całego świata

Dostępne dla: Nieograniczony, bezpłatny zasób sieciowy

Biblioteka LearningExpress

Testy praktyczne i materiały do ​​nauki przygotowania testu do testów akademickich i zawodowych, w tym SAT i GRE. Obejrzyj nasz samouczek wideo.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Biblioteka LearningExpress - Recursos dla Hispanohablantes

Recurso para el desarrollo académico y profesional ofrece el desarrollo de habilidades en matemáticas, ciencias y lectura/escritura para los alumnos de la escuela de edad y adultos, así como pruebas de la práctica para el sat, NC .

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

LearningExpress Library Career Center (dawniej Job & Career Help Center)

Ten moduł LearningExpressLibrary zawiera sekcje dotyczące pisania w biznesie, poszukiwania pracy, umiejętności niezbędnych do osiągnięcia sukcesu i umiejętności przydatnych w rozmowach kwalifikacyjnych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

LinkedIn Learning (dawniej Lynda.com)

Naucz się umiejętności biznesowych, kreatywnych i technologicznych, aby osiągnąć swoje cele osobiste i zawodowe.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Krytyka literatury online

Ta obszerna kompilacja komentarzy literackich reprezentuje szereg współczesnych i historycznych poglądów na autorów i ich dzieła w różnych regionach, epokach i gatunkach. Obejmuje dzieci, klasykę, współczesność, dramat, poezję, szekspirowski i inne.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Centrum zasobów literatury

Dostęp do biografii, bibliografii i krytycznej analizy autorów z każdego wieku i każdej dyscypliny literackiej

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

LitFinder

Znajdź sonety Szekspira, poezję Angelou, przemówienia prezydenckie i opowiadania Poego. Odkryj literaturę pełnotekstową z ponad 150 000 wierszy, 7100 opowiadań i powieści, 3800 esejów, 2400 przemówień i 1250 sztuk teatralnych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Magazyny na OverDrive (dawniej RBdigital Magazines)

Przeczytaj i pobierz ponad 3000 czasopism cyfrowych w aplikacji OverDrive lub Libby.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Języki mango

System do nauki języków online dla różnych języków.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Marzec2Sukces

Ćwicz materiały do ​​egzaminów ASVAB, SAT i ACT. Idealny dla studentów rozważających karierę wojskową.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

MedlinePlus

Dowiedz się o najnowszych metodach leczenia, lekach lub suplementach zdefiniuj słowa medyczne obejrzyj filmy uzyskaj najnowsze badania lub dowiedz się o badaniach klinicznych

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Muzyka online

Znajdź i słuchaj muzyki z różnych gatunków

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

New York Times w dowolnym miejscu

Ciesz się nieograniczoną liczbą bezpłatnych 72-godzinnych wejściówek na NYTimes.com, w tym relacji historycznych oraz międzynarodowych wydań hiszpańskich i chińskich. Dostęp do krzyżówki nie jest wliczony w cenę. Wymagana jest rejestracja na NYTimes.com.

Dostępne dla: Posiadacze bezpłatnej karty bibliotecznej

New York Times w Bibliotece

Korzystaj z bezpłatnego dostępu do NYTimes.com ze wszystkich lokalizacji Bezpłatnej Biblioteki, w tym relacji historycznych oraz międzynarodowych wydań hiszpańskich i chińskich. Dostęp do krzyżówki nie jest wliczony w cenę. Wymagana jest rejestracja na NYTimes.com.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki

Gorące tematy w NewsBanku

Najpopularniejsze wiadomości i tematy dotyczące Twojego następnego zadania! Obejmuje bieżące wydarzenia, biznes i ekonomię, obywatelstwo, rząd i politykę, kwestie społeczne, naukę, technologię i zdrowie, sport, sztukę i literaturę oraz ludzi w wiadomościach. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

  • Sztuka
  • Biznes i Ekonomia
  • Zdrowie i fitness
  • Pomoc w zadaniach domowych i pomoce naukowe
  • Literatura
  • Gazety, czasopisma i czasopisma
  • Polityka
  • Badania ogólne
  • Sport i rekreacja
  • Technologia
  • Dorośli ludzie
  • Wiek dojrzewania

Menu główne NewsBanku

Główny portal do baz danych Newsbank Inc., dostarczający międzynarodowych, krajowych, lokalnych i historycznych wiadomości.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Newsbank wybrał historyczne gazety Ameryki

Artykuły z wybranych gazet amerykańskich obejmujące wiele tematów z lat 1690-1922.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Raporty specjalne Newsbanku

Raporty specjalne NewsBanku skupiają się na tematach będących przedmiotem bieżącego zainteresowania. Obejmują one treści ze źródeł na całym świecie, aby zapewnić globalną perspektywę, bieżące i podstawowe informacje, statystyki, mapy, obrazy, strony internetowe i sugerowane terminy wyszukiwania.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki.

OverDrive Sala de Lectura Electrónica en Español

Descargue libros electrónicos y audiolibros en español para niños, adolescentes, y adultos. (Pobierz e-booki i audiobooki w języku hiszpańskim dla dzieci, nastolatków i dorosłych.)

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

ECzytelnia Overdrive World Languages

Pobierz e-booki i audiobooki w językach hiszpańskim, chińskim, wietnamskim, rosyjskim, francuskim i innych. Pobierz aplikację Libby, aby pożyczać w podróży. Obejrzyj ten krótki film, aby dowiedzieć się więcej

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Oxford Music Online (zawiera Grove Music Online)

Największy na świecie autorytet we wszystkich aspektach muzyki. (dawniej Grove Music Online, New Grove Dictionary of Music i Musicians Online)

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Historyczne gazety w Pensylwanii

174 pełnotekstowe historyczne gazety z Pensylwanii z lat 1790-1922. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Filadelfia Daily News

Philadelphia Daily News w pełnym tekście z 1/4/1978 – Obecnie (zawiera sporadyczne luki w zasięgu)

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Telegraf wieczorny w Filadelfii

Pełen tekst wydań tego popołudnia codziennie opublikowanych między 1.07.1864 a 30.06.1871 znajduje się tutaj. Te i dodatkowe lata od 30.06.1871 do 28.06.1918 są dostępne na mikrofilmach w Bibliotece Centralnej Parkway. Wiele luk w zasięgu.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Filadelfia Pytający

Philadelphia Inquirer w pełnym tekście z 1.01.1981 – Obecnie (zawiera sporadyczne luki w zasięgu)

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Archiwum Cyfrowe Philadelphia Inquirer 1860-2001

Przeszukuj i przeglądaj pełny tekst Philadelphia Inquirer opublikowany w latach 1860-2001.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Archiwum Historyczne Philadelphia Inquirer (dawniej Archiwum Wojny Secesyjnej)

Pełny tekst Philadelphia Inquirer z lat 1829-1922. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Filadelfijski indeks prasowy

Elektroniczna wersja papierowego indeksu do Philadelphia Press, jednej z najstarszych gazet w Filadelfii.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Trybuna Filadelfijska (1912-2001)

Pełny dostęp do najstarszej, nieprzerwanie wydawanej gazety codziennej Black w Stanach Zjednoczonych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Konstruktor CV w Filadelfii

Resume Builder to proste narzędzie online do tworzenia CV. Wykorzystuje szablon wypełniania pustych miejsc, udostępnia opisy zadań z usługi O*NET OnLine i tworzy dokument Microsoft Word, który można zapisywać i edytować.

Dostępne dla: Nieograniczony, bezpłatny zasób sieciowy

Popularna biblioteka muzyczna

Znajdź szeroką gamę muzyki popularnej z całego świata, w tym muzykę pop, alternatywę, country, chrześcijańską, elektroniczną, hip-hop, metal, punk, new age, R&B, reggae, rock, ścieżki dźwiękowe i nie tylko.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Biblioteka POWER

Pensylwania Online Świat zasobów elektronicznych

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Retrospektywa dla czytelników: 1890-1982

Przeszukuj ponad 3 miliony artykułów z 375 wiodących czasopism od 1890 do 1982 r.

Dostępne dla: tylko Biblioteka Centralna Parkway.

Rozwiązania referencyjne (dawniej ReferenceUSA)

Potężne narzędzie zapewniające dostęp do pogłębionych informacji o firmach i mieszkańcach. Badaj firmy, lokalizuj adresy, numery telefonów, przeprowadzaj badania rynku i nie tylko. Obejrzyj ten film, aby dowiedzieć się więcej.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Salem Prasa Referencyjna

Przeszukiwalna baza tytułów referencyjnych opracowana przez Salem Press

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Sanborn Maps, 1867-1970 (dawniej Sanborn Maps Geo Edition)

Poznaj historię budynków Ameryki dzięki ponad 660 000 czarno-białych map w dużej skali, które pokazują rozwój ponad 12 000 miast. Przeczytaj ten wpis na blogu, aby dowiedzieć się więcej.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Naukowe Centrum Referencyjne

Zawiera pełny tekst setek encyklopedii naukowych, podręczników, czasopism i innych wiarygodnych źródeł. Ponadto Science Reference Center zawiera ponad 280 000 wysokiej jakości obrazów naukowych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Mapy zestawów seryjnych

Ponad 70 000 map w zestawie seryjnym Kongresu USA zawiera świetne atlasy, małe mapy indywidualne, ankiety triangulacyjne, cotygodniowe mapy pogodowe i nie tylko. Obejmuje lata publikacji 1817-1994. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Niewolnictwo w Ameryce i na świecie: historia, kultura i prawo

Ta kolekcja HeinOnline zawiera podstawowe materiały prawne dotyczące niewolnictwa w USA i świecie anglojęzycznym. Zawiera prawie 2000 tytułów z każdym statutem i sprawą dotyczącą niewolnictwa oraz setki tekstów historycznych i historii współczesnych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Smithsonian Global Sound dla bibliotek

Dzięki niezwykłej gamie ponad 35 000 pojedynczych utworów strumieniowej muzyki, słowa mówionego oraz naturalnych i stworzonych przez człowieka dźwięków, użytkownicy mogą słuchać występów amerykańskich ikon folku, takich jak Woody Guthrie, Lead Belly, Pete Seeger i wielu innych.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Coś o autorze

Coś o autorze analizuje życie i twórczość autorów i ilustratorów dla dzieci i młodzieży oraz jest wybitnym źródłem literatury dla młodzieży. Zawiera ponad 12 000 wpisów i prawie 17 000 zdjęć.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Encyklopedia Filozofii Stanforda

Stanford Encyclopedia of Philosophy to autorytatywna, obszerna internetowa publikacja na temat filozofii, przydatna dla uczonych na wszystkich poziomach, a także dla ogółu społeczeństwa.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Zasoby dla uczniów w kontekście

Dokumenty pierwotne, biografie, eseje tematyczne, informacje ogólne, analizy krytyczne, pełne teksty 800 czasopism, zdjęcia i ilustracje, klipy audio i wideo

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Wyszukiwanie uczniów: Encyklopedia ogólna

Przeszukuj różne encyklopedie cyfrowe, aby znaleźć informacje na dowolny temat.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

TDNet

Wykaz pełnotekstowych czasopism dostępnych w wersji elektronicznej w Wolnej Bibliotece. Zastępuje JournalWebCite.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Przygotowanie do testu na obywatelstwo amerykańskie

Znajdź informacje o teście na obywatelstwo amerykańskie, a także materiały do ​​nauki i testy praktyczne.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Zestaw seriali kongresowych USA (1817-1980)

Oprawione, kolejno ponumerowane tomy wszystkich raportów, dokumentów i czasopism Senatu i Izby Reprezentantów Stanów Zjednoczonych stanowią bogate źródło podstawowych materiałów źródłowych dotyczących wszystkich aspektów historii Ameryki. *Przeglądarka Chrome nie jest obsługiwana.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Historia USA w kontekście

US History In Context zapewnia pełny przegląd historii Stanów Zjednoczonych, który obejmuje najczęściej badane wydarzenia, problemy i bieżące informacje.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Udacity

Weź udział w światowej klasy kursach ze studentami z całego świata w Udacity.

Dostępne dla: Nieograniczone, bezpłatne zasoby internetowe.

Klasa uniwersalna

Weź udział w internetowych kursach ustawicznego kształcenia z szerokiej gamy przedmiotów we własnym tempie, prowadzonych przez prawdziwych instruktorów.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i online za pomocą karty bibliotecznej.

Historia świata w kontekście

Wielokulturowy, globalny zasób, który porusza się chronologicznie od starożytności do współczesności i geograficznie na całym świecie, aby zapewnić, że wydarzenia, ruchy i jednostki, które zdefiniowały i ukształtowały nasz świat, są objęte poczuciem równowagi.

Dostępne dla: Wszystkie bezpłatne lokalizacje biblioteki i internet z uwierzytelnianiem.


Rota, P.A. i in. Charakterystyka nowego koronawirusa związanego z zespołem ostrej niewydolności oddechowej. Nauki ścisłe 300, 1394–1399 (2003).

Dawood, F.S. i in. Pojawienie się nowego wirusa grypy świń typu A (H1N1) u ludzi. N Engl j Med 360, 2605–2615 (2009).

Gao, R. i in. Zakażenie człowieka nowym wirusem grypy A (H7N9) pochodzenia ptasiego. New England Journal of Medicine 368, 1888–1897 (2013).

Zespół, choroba wirusowa W.E.R. Ebola w Afryce Zachodniej — pierwsze 9 miesięcy epidemii i prognozy na przyszłość. N Engl J Med 371, 1481–1495 (2014).

Dunne Jr, W., Westblade, L. & Ford, B. Sekwencjonowanie nowej generacji i całego genomu w diagnostycznym laboratorium mikrobiologii klinicznej. Europejskie czasopismo o mikrobiologii klinicznej i chorobach zakaźnych 31, 1719–1726 (2012).

Bloch, K. C. & Glaser, C. Podejścia diagnostyczne dla pacjentów z podejrzeniem zapalenia mózgu. Aktualne doniesienia o chorobach zakaźnych 9, 315–322 (2007).

Kollef, K.E. i in. Predyktory 30-dniowej śmiertelności i kosztów szpitalnych u pacjentów z respiratorowym zapaleniem płuc przypisywane potencjalnie opornym na antybiotyki bakteriom Gram-ujemnym. CHEST Dziennik 134, 281–287 (2008).

Yozwiak, N.L. i in. Identyfikacja wirusa w nieznanych przypadkach tropikalnej choroby z gorączką przy użyciu głębokiego sekwencjonowania. Plos zaniedbał choroby tropikalne 6, e1485 (2012).

Chiu, CY. Odkrycie patogenu wirusowego. Aktualna opinia w mikrobiologii 16, 468–478 (2013).

Minakshi, P. i in. Kompletna sekwencja genomu wirusa choroby niebieskiego języka serotypu 16 koziego pochodzenia z Indii. Dziennik Wirusologii 86, 8337–8338 (2012).

Diemer, GS i Stedman, KM Nowy genom wirusa odkryty w ekstremalnym środowisku sugeruje rekombinację między niepowiązanymi grupami wirusów RNA i DNA. Biol Direct 7, 13–13 (2012).

Daly, G.M. i in. Metodologia odkrywania wirusów dla próbek biopsji klinicznych wykorzystująca masowo równoległe sekwencjonowanie nowej generacji. Plos jeden 6, e28879 (2011).

Przepiórka, M.A. i in. Opowieść o trzech platformach sekwencjonowania nowej generacji: porównanie sekwencerów Ion Torrent, Pacific Biosciences i Illumina MiSeq. Genomika BMC 13, 341 (2012).

Naccache, S.N. i in. Kompatybilny z chmurą rurociąg bioinformatyczny do ultraszybkiej identyfikacji patogenów na podstawie sekwencjonowania próbek klinicznych nowej generacji. Odzysk genomu 24, 1180–1192, doi: 10.1101/gr.171934.113 (2014).

Ho, T. & Tzanetakis, IE Opracowanie potoku wykrywania i wykrywania wirusów przy użyciu sekwencjonowania nowej generacji. Wirusologia 471–473, 54–60, doi: 10.1016/j.virol.2014.09.019 (2014).

Wang, Q., Jia, P. & Zhao, Z. VirusFinder: oprogramowanie do wydajnego i dokładnego wykrywania wirusów i ich miejsc integracji w genomach gospodarza za pomocą danych sekwencjonowania nowej generacji. Plos jeden 8, doi: 10.1371/journal.pone.0064465.g001 (2013).

Bhaduri, A., Qu, K., Lee, CS, Ungewickell, A. & Khavari, PA Szybka identyfikacja sekwencji innych niż ludzkie w zestawach danych sekwencjonowania o wysokiej przepustowości. Bioinformatyka 28, 1174–1175 (2012).

Kostic, A.D. i in. PathSeq: oprogramowanie do identyfikacji lub odkrywania drobnoustrojów poprzez głębokie sekwencjonowanie tkanki ludzkiej. Biotechnologia przyrodnicza 29, 393–396 (2011).

Camacho, C. i in. BLAST+: architektura i aplikacje. Bioinformatyka BMC 10, 421, doi: 10.1186/1471-2105-10-421 (2009).

Namiki, T., Hachiya, T., Tanaka, H. & Sakakibara, Y. MetaVelvet: rozszerzenie asemblera Velvet do montażu metagenomu de novo z odczytów krótkich sekwencji. Kwasy nukleinowe Res 40, e155, doi: 10.1093/nar/gks678 (2012).

Pickett, B.E. i in. ViPR: otwarta baza danych bioinformatycznych i źródło analiz do badań wirusologicznych. Badania kwasów nukleinowych 40, D593-D598 (2012).

Squires, RB i in. Baza danych badań nad grypą: zintegrowane źródło bioinformatyczne do badań i nadzoru nad grypą. Grypa i inne wirusy układu oddechowego 6, 404–416 (2012).

Langmead, B. & Salzberg, SL Szybkie wyrównanie z przerwami w odczycie za pomocą Bowtie 2. Metody przyrodnicze 9, 357–359 (2012).

Zhao, Y., Tang, H. & Ye, Y. RAPSearch2: szybkie i wydajne pod względem pamięci narzędzie do wyszukiwania podobieństwa białek dla danych sekwencjonowania nowej generacji. Bioinformatyka 28, 125–126 (2012).

Akoheng, A. K. Rozumienie testów diagnostycznych 3: krzywe charakterystyki pracy odbiornika. Acta pediatrica 96, 644–647 (2007).

Peng, Y., Leung, HC, Yiu, SM & Chin, FY IDBA-UD: asembler de novo dla danych sekwencjonowania jednokomórkowego i metagenomicznego o bardzo nierównej głębokości. Bioinformatyka 28, 1420–1428, doi: 10.1093/bioinformatics/bts174 (2012).

Deng, X. i in. Strategia zespołowa, która znacząco usprawnia składanie de novo genomów drobnoustrojów na podstawie metagenomicznych danych sekwencjonowania nowej generacji. Kwasy nukleinowe Res 43, e46, doi: 10.1093/nar/gkv002 (2015).

Jiang, C., Schieffelin, JS, Li, J. & Sun, W. Gorączka denga: nowe wyzwanie dla Chin? Globalna akcja zdrowotna 7, 26421, doi: 10.3402/gha.v7.26421 (2014).

Lu, R. i in. Pełna sekwencja genomu koronawirusa zespołu oddechowego na Bliskim Wschodzie (MERS-CoV) z pierwszego importowanego przypadku MERS-CoV w Chinach. Zapowiedzi genomu 3, e00818–00815 (2015).

Kreuze, J.F. i in. Kompletna sekwencja genomu wirusa i odkrycie nowych wirusów poprzez głębokie sekwencjonowanie małych RNA: ogólna metoda diagnozowania, odkrywania i sekwencjonowania wirusów. Wirusologia 388, 1–7, doi: 10.1016/j.virol.2009.03.024 (2009).

Schmieder, R. & Edwards, R. Kontrola jakości i wstępne przetwarzanie zbiorów danych metagenomicznych. Bioinformatyka 27, 863–864 (2011).

States, DJ, Gish, W. & Altschul, S.F. Poprawiona czułość przeszukiwania baz danych kwasów nukleinowych przy użyciu macierzy punktacji specyficznych dla aplikacji. Metody 3, 66–70 (1991).

Katoh, K. & Standley, DM MAFFT oprogramowanie do dopasowania wielu sekwencji w wersji 7: poprawa wydajności i użyteczności. Mol Biol Evol 30, 772–780, doi: 10.1093/molbev/mst010 (2013).

Schulz, MH, Zerbino, DR, Vingron, M. & Birney, E. Oases: solidny montaż de novo RNA-seq w dynamicznym zakresie poziomów ekspresji. Bioinformatyka 28, 1086–1092 (2012).

Zerbino, DR & Birney, E. Velvet: algorytmy do montażu de novo krótkiego odczytu przy użyciu wykresów de Bruijna. Odzysk genomu 18, 821–829, doi: 10.1101/gr.074492.107 (2008).

Melicher, D., Torson, AS, Dworkin, I. & amp Bowsher, JH Rurociąg do montażu de novo transkryptomu Themira biloba (Sepsidae: Diptera) przy użyciu podejścia z wieloma długościami k-merów. Genomika BMC 15, 188, doi: 10.1186/1471-2164-15-188 (2014).

Huerta-Cepas, J., Dopazo, J. & Gabaldón, T. ETE: środowisko pytona do eksploracji drzew. Bioinformatyka BMC 11, 24 (2010).

Freitas, TA, Li, PE, Scholz, MB & Chain, PS Dokładna charakterystyka metagenomu w oparciu o odczyt przy użyciu hierarchicznego zestawu unikalnych sygnatur. Kwasy nukleinowe Res, doi: 10.1093/nar/gkv180 (2015).


6 Generowanie hipotez biomedycznych

Rosnące tempo rozwoju literatury naukowej sprawia, że ​​naukowcom trudno jest być na bieżąco ze wszystkimi istotnymi badaniami w celu formułowania nowych hipotez badawczych w swoich konkretnych dyscyplinach. Generowanie hipotez, znane również jako odkrycie oparte na literaturze (LBD), próbuje dokonać nowych odkryć biomedycznych z literatury za pomocą metod obliczeniowych.

6.1 Definicja zadania

Zautomatyzowana LBD, która wykorzystuje opublikowane artykuły do ​​odkrywania nowej wiedzy biomedycznej poprzez generowanie nowych hipotez, jest poddziedziną BLM. Celem generowania hipotez jest wykrycie leżących u podstaw relacji, które nie są obecne w tekście, ale są wywnioskowane z obecności innych wyraźnych relacji. Innymi słowy, jest to sposób na identyfikację ukrytych powiązań poprzez logiczne łączenie wyraźnych faktów rozsianych po różnych badaniach.

W szczególności generowanie hipotez jest zwykle odnoszone do procesu łączenia dwóch części wiedzy, które wcześniej uważano za niepowiązane [138]. Na przykład może być wiadome, że choroba A jest wywoływana przez substancję chemiczną B, a lek C zmniejsza ilość substancji chemicznej B w organizmie. Jednak ze względu na to, że poszczególne artykuły zostały opublikowane oddzielnie (tzw. 𠆍isjoint data’), związek między chorobą A a lekiem C może być nieznany. Generowanie hipotez ma na celu wykrycie tych ukrytych powiązań z artykułów biomedycznych. Rysunek 11 przedstawia przykłady generowania hipotez poprzez wnioskowanie niewidzialnych relacji.

Przykłady generowania hipotez poprzez wnioskowanie niewidzialnych relacji z artykułów biomedycznych.

Warto wspomnieć, że generowanie hipotez biomedycznych różni się od ekstrakcji relacyjnej. Ekstrakcja relacji koncentruje się na wyodrębnianiu relacji między bytami, które zostały wyraźnie zidentyfikowane w tekście, podczas gdy generowanie hipotez próbuje ujawnić relacje, które są jeszcze nieznane.

Thilakaratne i in. [8] przeanalizował istniejące techniki obliczeniowe stosowane w procesie LBD z zestawem kluczowych kamieni milowych na osi czasu tematów, w tym kontroli walidacji LBD, głównych narzędzi LBD, obszarów zastosowań, domen i możliwości uogólnienia metodologii LBD. W ankiecie nie wspomniano o aplikacjach z głębokim uczeniem na temat LBD i wyzwań, które są omówione w tym artykule.

6.2 Ustawienia problemu

Podstawowym celem generowania hipotez jest przewidzenie możliwego związku między dwoma terminami biomedycznymi na podstawie korpusu tekstowego [2, 139]. W odróżnieniu od typowego problemu przewidywania linków, które zwykle opierają się na modelach zamykania trójkątów [140] lub dodatnich półokreślonych jądrach grafów [141], generowanie hipotez ma na celu dostarczenie uzasadnienia i dowodów w postaci terminów łączących. Istnieją dwa warianty ustawienia problemu: wykrywanie zamknięte i wykrywanie otwarte. Pierwsza z nich umożliwia ludziom przeprowadzanie analizy konfirmacyjnej, podczas gdy druga dotyczy scenariuszy wymagających bardziej eksploracyjnych paradygmatów [142]. Jako słynny przykład rozważ pytania „Czy oleje rybne i choroba Raynauda są połączone?”, a „Jakie są opcje terapeutyczne dla choroby Raynauda?”. Pierwsze pytanie to zamknięty problem odkrywania, na który odpowiedź może brzmieć TAK lub NIE. Jeśli odpowiedź brzmi tak, następnym krokiem powinno być zidentyfikowanie dowodów, które wspierają to twierdzenie. Drugie pytanie dotyczy otwartego problemu z odkryciem. Odpowiedź należy uzyskać, badając wszystkie koncepcje z chorobą Raynauda jako potencjalnym wskazaniem terapeutycznym. Takie pytania mają zwykle z jednej strony „ugruntowaną” koncepcję biomedyczną, a z drugiej metatyp, który definiuje charakterystykę możliwych terminów, które mogą pojawić się z drugiej strony [143].

Generowanie hipotez biomedycznych doprowadziło do wielu odkryć, takich jak potencjalne metody leczenia chorób [144�], a także zrozumienia i odkrycia nowych korzyści zdrowotnych suplementów [148]. Jest to szczególnie obiecujące w wielu zastosowaniach w przemyśle farmaceutycznym, takich jak opracowywanie leków [149�], repurposing leków [144, 150, 152�] i nadzór nad bezpieczeństwem farmakoterapii [152, 158�], które są szczegółowo omówione poniżej.

Odkrywanie i opracowywanie leków to procesy kosztowne i czasochłonne. Zmiana przeznaczenia leków odnosi się do procesu identyfikacji celów choroby jako alternatywnych potencjalnych wskazań istniejących leków. Udana zmiana przeznaczenia może zaoszczędzić wiele czasu i kosztów finansowych związanych z opracowywaniem leków, ponieważ nie trzeba przechodzić przez początkową fazę in-silico i część fazy in-vitro. Na przykład COVID-19 jest teraz globalną epidemią. Do marca 2020 r. odnotowano prawie 300 tys. potwierdzonych przypadków z ponad 11 tys. zgonów w 185 krajach i obszarach (https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019). Istnieje pilna potrzeba opracowania skutecznego leczenia COVID-19. Całkowite odkrycie leku de novo byłoby w tym przypadku bardzo czasochłonne. Remdesivir, lek pierwotnie opracowany do leczenia eboli, wykazał skuteczność w leczeniu COVID-19 [161], podobnie jak hydroksychlorochina, której pierwotnym wskazaniem jest malaria [162]. LBD może zapewnić niezbędną pomoc w procesie zmiany przeznaczenia leków. Andronis i in. [163] dokonali przeglądu różnych metod LBD, które są krytyczne dla wykrywania ukrytych połączeń między jednostkami biomedycznymi i sugerują, że techniki wizualizacji mogą pomóc naukowcom w przeprowadzaniu testów. Tari i in. [153] użyli deklaratywnego języka programowania AnsProlog, aby osiągnąć zautomatyzowane wnioskowanie dla niepełnych informacji o pośrednich związkach dla wskazań leków. Wprowadzili również kilka publicznie dostępnych zasobów wiedzy, takich jak struktury chemiczne, skutki uboczne i ścieżki sygnałowe w celu identyfikacji alternatywnych wskazań leków [154].

Nadzór nad bezpieczeństwem farmakoterapii odnosi się do „nauki farmakologicznej związanej z gromadzeniem, wykrywaniem, oceną, monitorowaniem i zapobieganiem niepożądanym skutkom produktów farmaceutycznych” [164]. Na ten temat Shang i in. [158] opracowali skalowalną metodę LBD, która wykorzystuje statystyki dystrybucji do wnioskowania i zastosowania wzorców odkrywania do oceny wiarygodności par lek/niekorzystny lek w nadzorze nad bezpieczeństwem farmakoterapii. Hristovski i in. [159] przedstawili narzędzie do dostarczania wyjaśnień farmakologicznych i farmakogenomicznych znanych działań niepożądanych leków poprzez geny lub białka, które łączą leki z działaniami niepożądanymi. Kosiarka i in. [160] rozszerzyli ten paradygmat, oceniając klasyfikatory uczenia maszynowego w przypadku zastosowania do wielowymiarowych reprezentacji relacji wydobytych z literatury jako sposób na identyfikację uzasadnionych par lek/niepożądana reakcja na lek.

6.3 Metody

Większość systemów LBD jest opartych lub wywodzi się z modelu współwystępowania ABC Swansona [139]. W takim modelu wiedza jawna jest zakodowana w tekście w postaci 𠆊 implikuje B’, a 𠆋 implikuje relacje C’. Wiedzę niejawną można odkryć, rysując 𠆍latego A implikuje wniosek C’. Na przykład dietetyczny olej rybny jest wymieniony w artykułach dotyczących lepkości krwi i reaktywności naczyń. Te dwa terminy są również wymienione w artykułach dotyczących choroby Raynauda. Swanson zasugerował, że uzasadnione jest powiązanie dietetycznego oleju rybnego i choroby Raynauda. Wynik ten został zweryfikowany eksperymentalnie [165] (patrz Rysunek 12).

Przykład modelu ABC łączącego olej rybny i chorobę Raynauda.

Opracowano różne narzędzia do wykorzystania modelu współwystępowania ABC do generowania hipotez [166]. Na przykład narzędzie Arrowsmith firmy Swanson’ wykorzystało współwystępowanie terminów biomedycznych w tytułach ze streszczeń MEDLINE w celu zidentyfikowania istniejących powiązań [167]. Użytkownik systemu musi wprowadzić termin początkowy i może uzyskać wybór odpowiednich terminów pośrednich dostarczanych przez system. Przewidywane terminy docelowe są uszeregowane, licząc liczbę terminów pośrednich. Podobny pomysł został zbadany również w innych systemach (np. CoPub [168] i FACTA+ [169]). Systemy te zazwyczaj wykorzystują tekst w formie abstrakcyjnej, a nie tylko tytuł. W systemie BITOLA jako punktację rankingową kandydatów do stowarzyszenia wykorzystano zarówno liczbę koncepcji pośrednich, jak i liczbę publikacji, które wspierają te powiązania pośrednie [170]. Metody te uwzględniały jedynie wiedzę lokalną w zakresie warunków pośrednich, które współwystępują z warunkami początkowymi i docelowymi. Ostatnio Zhao i in. [100] omówili różne sytuacje współwystępowania ABC i zaproponowali model grafu czynnikowego, CausalTriad, który wykorzystuje bardziej holistyczną wiedzę tekstową i strukturalną do wnioskowania hipotezy przyczynowej.

Oprócz powyższych paradygmatów modelowania opartych na współwystępowaniu ABC, istniały również inne metodologie LBD. Na przykład zasada rzadkości [171�], która dotyczy terminów rzadko współwystępujących, a nie często współwystępujących. Systemy oparte na bibliometrii wykorzystywały informacje dotyczące cytowań, aby znaleźć powiązania i literaturę docelową [173]. Sang i in. [29] opracowali dalej oparte na wiedzy biomedycznej podejście LBD do odkrywania leków.

Rysunek 13 przedstawia typowy rurociąg LBD od końca do końca. Ten system przyjmuje jako dane wejściowe parę terminów medycznych (termin medyczny i metainformacje w przypadku odkrycia otwartego). Zadaniem ‘Modułu Generowania Hipotez’ jest zestawienie zestawu założeń, które wiążą dwa wejścia poprzez mediację, np. ‘Oleje rybne Beta-tromboglobulina Choroba Raynauda’. Moduł ‘Ranking’ odpowiada wówczas za wygenerowanie tych postulatów, które ostatecznie zostaną przekazane użytkownikowi końcowemu do dalszej walidacji. Wygenerowane hipotezy można uszeregować za pomocą wybranych narzędzi i algorytmów w module rankingowym.Ze względu na kaskadowy charakter tych modułów zakłada się, że jakość wyjściowa wygenerowanego modułu będzie miała wpływ na ogólną jakość końcowego wyniku.

Schemat poglądowy ogólnego kompleksowego rurociągu LBD.

6.4 Potencjalne zastosowania z głębokim uczeniem

Większość badań dotyczących generowania hipotez opiera się na modelu ABC. Modele głębokiego uczenia rzadko były wykorzystywane bezpośrednio w tym zadaniu, potencjalnie ze względu na wysokie wymagania dotyczące interpretacji procesu LBD. Można sobie wyobrazić, że uczenie modeli głębokiego uczenia z dużego, opatrzonego adnotacjami korpusu tekstu biomedycznego powinno być w stanie osiągnąć lepszą wydajność numeryczną mierzoną na wygenerowanych hipotezach. Istotne jest jednak, aby te hipotezy były możliwe do wyjaśnienia. Dlatego potrzebne są skuteczne mechanizmy interpretacji głębokiego uczenia [174, 175].

6.5 Wyzwania

Pomimo obietnic, wyzwania pozostają przed generowaniem hipotez opartych na literaturze biomedycznej. W szczególności 1) założenia w niektórych metodach (takich jak podejście oparte na współwystępowaniu ABC) są zbyt proste, aby uchwycić złożoność procesów biomedycznych. Wzbogacenie tych technologii o wszechstronny kontekst biomedyczny jest ważne i stanowi wyzwanie 2) wiele istniejących metodologii i systemów LBD jest opracowywanych do celów badawczych. Ważne jest, aby wdrożyć je w rzeczywistych warunkach aplikacji, w których systemy te mogą naprawdę pomóc, takich jak podstawowe badania naukowe, badania i rozwój farmaceutyczny, a także opieka kliniczna, aby nowe odkrycia mogły być oceniane prospektywnie 3) zawartość artykuły biomedyczne mogą być stronnicze w kierunku ich wyspecjalizowanych dyscyplin. Czasami odkrycia z różnych artykułów mogą być sprzeczne. Uzyskanie wiarygodnych i przekonujących hipotez w tym scenariuszu jest wyzwaniem.


7. Ławka Internet

Kurator: Pew Research Center
Przykładowy zestaw danych: Nastolatki, media społecznościowe i technologia 2018

Misją Pew Research Center jest zbieranie i analizowanie danych z całego świata. Obejmują wszelkiego rodzaju tematy, takie jak polityka, media społecznościowe, dziennikarstwo, gospodarka, prywatność w Internecie, religia i trendy demograficzne. Chociaż prowadzą własne, bezstronne, bezstronne badania i analizy, oferują również swoje surowe dane do publicznego dostępu. Dostęp wymaga jedynie krótkiej rejestracji na stronie i uznania Pew Research Center jako źródła danych, z zastrzeżeniem, że Pew nie ponosi odpowiedzialności za alternatywne wnioski dotyczące danych.

W pewnym sensie udostępnianie danych to także kolejny projekt badawczy Pew. Mają już wszystkie informacje o tym, w jaki sposób wykorzystują dane w swoich badaniach i są zainteresowani poznaniem, jak inni również wykorzystują ich dane. Mają jedną prośbę — skontaktowanie się z nimi przez e-mail, jeśli coś zostanie opublikowane w wyniku pozyskanych danych.


Następne seminarium:

7. 6. 2019 (piątek) 15:00 Lucas Moitinho-Silva, Instytut Klinicznej Biologii Molekularnej, CAU

Badanie wzorców liczebności drobnoustrojów w mikrobiomach gąbek

Badania symbiozy zwierząt i drobnoustrojów wymagają szerokiego zakresu technik z różnych dziedzin nauki. W moim wystąpieniu zajmę się dychotomią między gąbkami o wysokiej liczebności drobnoustrojów (HMA) i niskiej liczebności drobnoustrojów (LMA) za pomocą metod ekologicznych i uczenia maszynowego. Przedstawię analizę mikrobiomu około 170 gatunków gąbek (

1800 próbek), z których dane są publicznie dostępne w ramach projektu mikrobiomu gąbki. W końcowej części mojego wystąpienia pokażę, jak przenoszę te podejścia do moich obecnych projektów dotyczących mikrobiomu człowieka.

10. 5. 2019 (piątek) 15:00 Silke Szymczak, Instytut Klinicznej Biologii Molekularnej, CAU

Zaglądając do czarnej skrzynki losowych lasów

Metody uczenia maszynowego, aw szczególności losowe lasy, są obiecującymi podejściami do klasyfikacji i regresji opartej na zestawach danych omicznych. Najpierw opiszę w kategoriach laika, jak działa algorytm losowego lasu i jak można zbudować model predykcyjny. Jednak te złożone modele nie są łatwe do interpretacji, a jedną ze strategii lepszego zrozumienia jest selekcja zmiennych, czyli identyfikacja zmiennych ważnych dla predykcji.
W drugiej części mojego wykładu przedstawię naszą nowatorską metodę o nazwie surrogate minimal depth (SMD). Opiera się na strukturze drzew decyzyjnych w lesie i dodatkowo uwzględnia relacje między zmiennymi. W badaniach symulacyjnych wykazaliśmy, że wzorce korelacji można zrekonstruować i że SMD ma większą moc niż istniejące metody selekcji zmiennych. Tak więc SMD jest obiecującym podejściem do uzyskania lepszego wglądu w złożoną interakcję zmiennych predykcyjnych i wyników w wielowymiarowym zestawie danych.

8. 3. 2019 (piątek) 15:00 Martin Jahn, GEOMAR Kiel

Implikacje wiromu na holobiontach gąbek morskich

Fagi są coraz częściej uznawane za ważnych członków społeczności mikroorganizmów związanych z gospodarzem. Podczas gdy interakcje fag-bakterie były badane od ponad wieku, stosunkowo niewiele wiadomo na temat interakcji fagów z ich gospodarzami zwierzęcymi. Atrakcyjnym modelem, który pozwala nam badać interakcje gospodarz-mikrob w środowisku naturalnym, są gąbki morskie, które są związane ze stabilnymi, wysoce złożonymi i specyficznymi społecznościami drobnoustrojów. Jako zwierzęta filtrujące, gąbki pompują do 24 000 litrów wody morskiej dziennie przez swój system, narażając je na duże ilości zewnętrznych wirusów. Wysoka ekspozycja na fagi, główny element bakteriolityczny, rodzi pytania o to, jak można utrzymać homeostazę mikrobiomu. Ponadto różnorodność i funkcja fagów szczątkowych w zbiorowisku drobnoustrojów gąbek oraz ich rozmieszczenie w krajobrazie zwierząt są w dużej mierze niezbadane.

Dlatego ostatnio zbadałem 36 wiromów DNA/RNA czterech śródziemnomorskich gatunków gąbek i pobliskich źródeł wody morskiej przy użyciu metagenomiki wirusowej. Podczas tego seminarium przeprowadzę Cię przez etapy od projektowania próbkowania do analizy taksonomicznej i funkcjonalnej oraz omówię jej aspekty metodologiczne. Na koniec przedstawię możliwości połączenia sekwencjonowania z dodatkowymi podejściami, takimi jak mikroskopia i testy funkcjonalne, które powinny mieć szerokie zastosowanie w innych systemach.

8. 2. 2019 (piątek) 15:00 Ribana Roscher, Instytut Geodezji i Geoinformacji (IGG), Universität Bonn

Uczenie maszynowe dla teledetekcji Ziemi

Obserwacje teledetekcyjne odgrywają ważną rolę w środowisku geo- i bionaukowym, ponieważ umożliwiają różnym aplikacjom dokładne monitorowanie Ziemi i jej zmian – na poziomie mikroskopowym, a także z kosmosu. Oprócz wyzwania, jakim jest radzenie sobie z dużymi ilościami danych i ograniczonymi informacjami o etykiecie klasy, obecne i przyszłe wyzwania obejmują definicję i integrację wiedzy wcześniejszej i dziedzinowej, uczenie się zaawansowanych funkcji i łączenie danych z wielu czujników. Wykład ten obejmie kilka zastosowań teledetekcji, skupiając się na metodach głębokiego uczenia, którymi zajmuje się moja grupa, a ja przedstawię moją wizję przyszłych metod uczenia się lepszych modeli złożonych procesów i zjawisk geo- i biofizycznych.

18. 1. 2019 (piątek) 15:00 Ana Filipa Moutinho, Instytut Biologii Ewolucyjnej im. Maxa Plancka, Plön

Genomowe i strukturalne czynniki stymulujące ewolucję adaptacyjną białek

Częstość i charakter mutacji adaptacyjnych od dawna skupiają się na badaniach ewolucji molekularnej. Tutaj zajmujemy się wpływem architektury strukturalnej regionów kodujących białka na tempo mutacji adaptacyjnych. Wykorzystaliśmy genetykę populacyjną do badania ewolucji molekularnej na dużą skalę, analizując wpływ wariantów genetycznych w różnych konformacjach struktury białek. Dzięki temu staraliśmy się zrozumieć, w jaki sposób biofizyka białek i ewolucja sekwencji kodujących wpływają na sprawność i adaptację. Korzystając z danych genomicznych populacji Drosophila melanogaster i Arabidopsis thaliana, dopasowaliśmy modele rozkładu efektów dopasowania i oszacowaliśmy szybkość adaptacyjnych podstawień aminokwasowych zarówno w skali białek, jak i reszt aminokwasowych, w różnych kategoriach funkcji białek, powinowactwa opiekuńczego, interakcje białko-białko, wewnętrzne zaburzenie białka i motywy strukturalne. Odkryliśmy, że większość mutacji adaptacyjnych występuje na powierzchni białek i że wiek genu silnie wpływa na tempo adaptacji. Ponadto obserwujemy, że funkcjonalna klasa białek również odgrywa rolę w adaptacji, przy czym geny kodujące procesy regulacji białek i szlaki sygnałowe wykazują najwyższe wartości szybkości podstawień adaptacyjnych. Dlatego proponujemy, że tempo adaptacyjnych mutacji w białkach jest napędzane przez nowe interakcje międzycząsteczkowe, zarówno wewnątrz organizmu, w ramach sieci białkowych, jak i na poziomie międzyorganizacyjnym, poprzez koewolucję z patogenami i/lub przez pozyskiwanie nowej działalności biochemicznej.

7. 12. 2018 (piątek) 15:00 Mario Stanke, Institut für Mathematik und Informatik, Universität Greifwald

Adnotacja porównawcza genomu

Wykład będzie dotyczył problemu adnotacji handlowych: podano wiele genomów różnych gatunków lub szczepów kladu, a klad jest tak wąski, że można zestawić większe części tych genomów, np. klad gatunków mysich.
Zamiast opisywać każdy genom jeden po drugim, opracowujemy metody, które jednocześnie opatrują wszystkie genomy, wykorzystując w ten sposób dowody z selekcji i wprowadzając sprzężenie wcześniej niezależnych problemów ze znakowaniem sekwencyjnym w celu zwiększenia dokładności i spójności adnotacji genomu strukturalnego. Przedstawię trwające prace nad udoskonaleniem narzędzia do przewidywania genów AUGUSTUS.

9. 11. 2018 (piątek) 15:00 Johannes Zimmermann, Instytut Medycyny Doświadczalnej, CAU Kilonia

Łowienie z sieciami metabolicznymi - crafting, łowienie, kuratorstwo

Sieci metaboliczne to skarbnice wiedzy o procesach metabolicznych zachodzących w organizmie. Są one z powodzeniem wykorzystywane do badania różnych zjawisk raczej na poziomie szlaku integracyjnego niż tylko na poziomie genów. W swoim wystąpieniu chcę przedstawić wprowadzenie do teorii sieci metabolicznych, skupiając się na konstrukcji, analizie i kuracji takich sieci. Omówiono wkład własny, a na koniec zastosowanie sieci metabolicznych do modelowania społeczności w świetle paradygmatu metaorganizmu.

1. 10. 2018 (poniedziałek) 15:00 Dan Graur, University of Houston

Coś starego, coś nowego, coś pożyczonego, coś niebieskiego: zastosowanie koncepcji obciążenia mutacyjnego do sekwencji genomowych w celu określenia górnej granicy frakcji funkcjonalnej genomu ludzkiego

Aby populacja ludzka utrzymała stałą wielkość z pokolenia na pokolenie, wzrost płodności musi kompensować zmniejszenie średniej sprawności populacji spowodowanej szkodliwymi mutacjami. Wymagany wzrost zależy od szybkości szkodliwych mutacji i liczby miejsc w genomie, które są funkcjonalne. Te zależności oraz fakt, że istnieje maksymalny tolerowany poziom płodności zastępczej (np. ludzie nie mogą mieć 100 dzieci) pozwalają nam oszacować górną granicę frakcji ludzkiego genomu, która może być funkcjonalna. Szacując ułamek szkodliwych mutacji spośród wszystkich mutacji w znanych regionach funkcjonalnych, dochodzimy do wniosku, że ułamek genomu ludzkiego, który może być funkcjonalny, nie może przekraczać 25% i jest prawie na pewno znacznie niższy.

15. 6. 2018 (piątek) 15:00 Andreas Tauch, de.NBI Biuro Administracyjne - ELIXIR Niemcy, Bielefeld University, Bielefeld, Niemcy

Bioinformatyka w Niemczech: w kierunku infrastruktury na poziomie krajowym

Niemiecka Sieć Infrastruktury Bioinformatycznej (de.NBI) to krajowa inicjatywa finansowana przez Federalne Ministerstwo Edukacji i Badań Naukowych (BMBF). Misją inicjatywy de.NBI jest (i) świadczenie wysokiej jakości usług bioinformatycznych użytkownikom w badaniach podstawowych i stosowanych w naukach przyrodniczych ze środowisk akademickich, przemysłowych i biomedycznych (ii) oferowanie szkoleń bioinformatycznych użytkownikom w Niemczech i Europie poprzez szeroką szereg warsztatów i kursów oraz (iii) wspieranie współpracy niemieckiej społeczności bioinformatycznej z międzynarodowymi strukturami sieciowymi. Sieć infrastruktury została uruchomiona przez BMBF w marcu 2015 r. i po dwóch krajowych zaproszeniach obejmuje obecnie 40 projektów usługowych obsługiwanych przez 30 partnerów projektu, które są zorganizowane w ośmiu centrach usług. Naukowcy z Uniwersytetu w Kilonii i Instytutu Fritza Lipmanna w Jenie dołączyli do sieci de.NBI jako partnerzy stowarzyszeni w 2017 roku. Personel de.NBI rozwija się dalej i utrzymuje prawie 100 usług bioinformatycznych dla dziedzin badań nad ludźmi, roślinami i drobnoustrojami oraz zapewnia kompleksowe szkolenia kursy wspierające użytkowników o różnym poziomie wiedzy w bioinformatyce. Sieć rozszerza obecnie swoją działalność na poziom europejski, ponieważ konsorcjum de.NBI zostało zlecone przez BMBF do utworzenia i prowadzenia niemieckiego węzła ELIXIR, europejskiej infrastruktury nauk przyrodniczych dla informacji biologicznych. Podobnie jak de.NBI na poziomie krajowym, ELIXIR-DE jest koordynowany przez Uniwersytet w Bielefeld i obejmuje ponad dwadzieścia instytutów partnerskich w całych Niemczech.

20. 4. 2018 (piątek) 15:00 Eli Levy Karin, Max-Planck Institute for Biophysical Chemistry, Getynga, Niemcy

Techniki statystyczne w ewolucji molekularnej // Narzędzia do badania metagenomiki eukariotycznej

Mój doktorat koncentrował się na opracowywaniu metod obliczeniowych i statystycznych w dziedzinie ewolucji molekularnej. W swoim wystąpieniu przedstawię krótki przegląd mojej pracy, która dotyczyła różnych aspektów analizy sekwencji. Następnie przedstawię bardziej szczegółowo jeden z projektów, TraitRateProp. TraitRateProp to metoda probabilistyczna, która umożliwia testowanie, czy tempo ewolucji sekwencji jest związane ze zmianami w binarnej cesze charakteru fenotypowego. Metoda umożliwia ponadto wykrycie określonych miejsc sekwencji, na których tempo ewolucji najbardziej zauważalnie wpływa zmiana charakteru, co sugeruje zmianę ograniczeń funkcjonalnych/strukturalnych. TraitRateProp został najpierw oceniony w symulacjach, a następnie zastosowany do badania procesu ewolucyjnego genomów roślin plastydowych po przejściu na heterotroficzny styl życia.
Na koniec przedstawię moją aktualną pracę nad opracowaniem i zastosowaniem narzędzi obliczeniowych do analizy danych metagenomicznych organizmów eukariotycznych. Metagenomika rewolucjonizuje badania nad drobnoustrojami i ich fundamentalną rolą w procesach biologicznych, geologicznych i chemicznych na Ziemi. Pomimo ważnej roli, jaką eukarionty odgrywają w większości środowisk, poświęcono im niewiele uwagi ze względu na mniejszą liczebność próbek oraz złożoność architektury genów i genomów. Do chwili obecnej generalnie nie możemy wiarygodnie przewidzieć genów eukariotycznych w sekwencjach metagenomicznych. Jednak możliwość analizowania danych metagenomicznych eukariotów ma ogromne znaczenie dla wielu dziedzin naukowych, w tym biotechnologii i medycyny, ekologii i ewolucji. W swoich badaniach pracuję nad opracowaniem narzędzi obliczeniowych do wysokoprzepustowego wykrywania sekwencji genów eukariotycznych w danych metagenomicznych i ich funkcjonalnej adnotacji.

23. 3. 2018 (piątek) 15:00 Christoph Kaleta, Instytut Medycyny Doświadczalnej, Uniwersytet w Kilonii

Zmiany transkryptomiczne podczas starzenia odzwierciedlają przejście od raka do chorób zwyrodnieniowych u osób starszych

Epidemiologia chorób w okresie starzenia pokazuje, że przejście od raka do przewlekłych chorób zwyrodnieniowych jest dominującym czynnikiem przyczyniającym się do umieralności osób starszych. Niemniej jednak pozostaje niejasne, w jakim stopniu molekularne sygnatury starzenia odzwierciedlają to zjawisko. W tym miejscu opisujemy identyfikację konserwatywnej sygnatury transkryptomicznej starzenia w oparciu o dane dotyczące ekspresji genów z czterech gatunków kręgowców w czterech tkankach. Odkryliśmy, że zmiany transkrypcyjne związane ze starzeniem się podążają trajektoriami podobnymi do zmian transkrypcyjnych obserwowanych w chorobach zwyrodnieniowych związanych ze starzeniem się, ale są w kierunku przeciwnym do zmian transkrypcyjnych obserwowanych w raku. Potwierdzamy istnienie podobnego antagonizmu na poziomie genomowym, gdzie większość alleli wspólnego ryzyka, które zwiększają ryzyko zachorowania na raka, zmniejsza ryzyko przewlekłych zaburzeń zwyrodnieniowych i odwrotnie. Wyniki te ujawniają fundamentalny kompromis między rakiem a chorobami zwyrodnieniowymi związanymi ze starzeniem się, który rzuca światło na wyraźną zmianę ich epidemiologii podczas starzenia się.

23. 2. 2018 (piątek) 15:00 Tim Lachnit, Instytut Zoologiczny, Uniwersytet w Kilonii

Wirusy, zaniedbana część metaorganizmów

Organizmy eukariotyczne są powiązane i współewoluowały ze złożoną społecznością bakteryjną. Gospodarz i bakterie tworzą razem synergiczną relację. Zakłócenie homeostazy między gospodarzem a powiązanymi z nim partnerami może przyczynić się do rozwoju choroby. Podczas gdy w ostatnich dziesięcioleciach badania koncentrowały się na interakcjach bakterii z żywicielem, wirusy zostały zignorowane, chociaż stanowią najobfitszą jednostkę na świecie, przewyższając liczebnie liczbę komórek bakteryjnych i są jednym z kluczowych regulatorów społeczności bakteryjnych, zabijając codziennie 20-40% wszystkich komórek bakteryjnych . Na tym seminarium wprowadzę Cię w świat wirusów żyjących w połączeniu z różnymi organizmami z różnych siedlisk, od alg morskich, gąbek, polipów słodkowodnych po próbki kału myszy. Na podstawie tych przykładów podkreślę różne problemy metodyczne, w tym izolację wirusów, przygotowanie bibliotek i analizę danych sekwencyjnych, które stanowią wyzwanie dla badań nad wirusami i muszą być brane pod uwagę podczas pracy z wirusami.

8. 12. 2017 (piątek) 15:00 Bernhard Haubold, Instytut Biologii Ewolucyjnej im. Maxa Plancka, Plön

Złożoność sekwencji i funkcja genów w ludzkim genomie

Sekwencje genomu różnią się lokalnie pod względem złożoności z powodu zdarzeń duplikacji w ich ewolucyjnej przeszłości. W rezultacie istnieje od dawna zainteresowanie wyjaśnieniem związku między złożonością sekwencji a funkcją kodowanych genów. Jednak pomiar złożoności sekwencji lokalnej jest problematyczny, ponieważ większość metryk nie ma granic, które pokrywają się ze znanym minimum dla całkowicie uporządkowanych sekwencji i maksimum dla sekwencji losowych. Wyjątkiem od tej reguły jest nasza miara złożoności CM, która jest ograniczona przez 0 i oczekiwanie 1. Ta miara jest odporna na zmienność zawartości GC i może być obliczana wydajnie. Wdrożyliśmy CM w naszym programie macle dla MAtch CompLExity. Macle pobiera jako dane wejściowe sekwencję genomu w formacie FASTA do indeksowania. W przypadku całego ludzkiego genomu indeksowanie zajmuje 3,5 h przy użyciu 128 GB RAM. Biorąc pod uwagę wynikowy indeks, macle oblicza CM w przesuwanych oknach o dowolnej szerokości w całym genomie w około 19 sekund przy użyciu 25 GB pamięci RAM.
Aby zbadać związek między złożonością sekwencji a funkcją genów, ustaliliśmy, które geny zostały wzbogacone w regionach o danej złożoności. Odkryliśmy, że regiony o wysokiej złożoności były silnie wzbogacone w geny regulatorowe aktywne w rozwoju. Natomiast regiony o niskiej złożoności zostały wzbogacone o geny zaangażowane w odporność. Kończymy spekulacją na temat roli kilku znalezionych nieopisanych regionów o wysokiej złożoności.

10. 11. 2017 (piątek) 15:00 Tobias Marschall, Instytut Informatyki im. Maxa Plancka, Saarbrücken

Strukturalna zmienność genomowa i poziomy transfer genów

Zmienność strukturalna (SV) ma kluczowe znaczenie dla ewolucji genomów w całym drzewie życia. Ta prelekcja przedstawia wycieczkę po opracowaniach metodologicznych dotyczących nawoływania SV, genotypowania i haplotypowania. Najpierw wyjaśnię metody (Clever, Mate-Clever), które opracowaliśmy i zastosowaliśmy w ramach projektu Genome of the Netherlands (GoNL), w ramach którego zsekwencjonowano 250 holenderskich rodzin, oraz przedstawię niektóre wyniki tego badania. Po drugie, zajmę się światem genomiki bakterii i pokażę, jak wnioski wyciągnięte z wykrywania zmienności strukturalnej człowieka można wykorzystać do zaprojektowania narzędzia (Daisy) do wykrywania niedawnego horyzontalnego transferu genów. Po trzecie, omówię wpływ rozwoju technologicznego na wykrywanie SV na przykładzie danych uzyskanych przez Human Genome Structural Variation Consortium (HGSVC). Zespół HGSVC zsekwencjonował dziewięć ludzkich genomów, każdy na siedmiu różnych platformach (sparowane końce Illumina, syntetyczne długie odczyty Tru-seq, biblioteki skokowe, 10X Genomics, PacBio, mapy optyczne BioNano, Strand-seq). W ramach tego projektu szczególnie zbadaliśmy zdolności tych technologii do rozwiązywania haplotypów, wykorzystując naszą metodę WhatsHap, którą pokrótce wyjaśnię. W rezultacie HGSVC stworzył mapę zmienności strukturalnej specyficznej dla haplotypu, która podkreśla SV jako znacznie bardziej rozpowszechnione u ludzi, niż wcześniej sądzono.

16.10.2017 (poniedziałek) 16:00 Itzhak Mizrahi, Ben-Gurion University, Izrael

Wgląd w mikrobiom żwacza

Mikrobiota jelitowa ssaków jest niezbędna w kształtowaniu wielu funkcjonalnych atrybutów gospodarza. W ostatnich latach wykazano, że związki między społecznościami bakterii jelitowych a ich gospodarzami, ssakami, odgrywają ważną rolę w dobrym samopoczuciu i prawidłowym funkcjonowaniu gospodarzy. Klasyczny przykład tych zależności można znaleźć w przewodzie pokarmowym bydła w przedziale zwanym żwaczem. Mikrobiota żwacza jest niezbędna do prawidłowego rozwoju fizjologicznego żwacza oraz zdolności zwierzęcia do trawienia i przekształcania masy roślinnej w podstawowe produkty spożywcze, co sprawia, że ​​ma duże znaczenie dla człowieka. W moim wykładzie omówię nasze ostatnie odkrycia dotyczące rozwoju tego ekosystemu i interakcji z gospodarzem.

14. 7. 2017 (piątek) 15:00 Instytut Mikrobiologii im. Christiana Woehle, CAU Kiel

Śledzenie ewolucji eukariotycznego proteomu redoks

Proteom wrażliwy na redoks (RSP) składa się z tioli białkowych, które podlegają reakcjom redoks, odgrywając ważną rolę w koordynowaniu procesów komórkowych. Tutaj zastosowaliśmy podejście filogenomiczne na dużą skalę, aby zmapować ewolucyjne pochodzenie eukariotycznego RSP. Na podstawie aktualnej migawki okrzemki Phaeodactylum tricornutum wywnioskowaliśmy stany sekwencji przodków i prześledziliśmy ewolucję RSP krok po kroku do pochodzenia eukariontów. Nasze wyniki wskazują, że większość cystein wrażliwych na redoks P. tricornutum (76%) jest specyficzna dla eukariontów, jednak są one zakodowane w genach, które w większości są pochodzenia prokariotycznego (57%). Co więcej, znajdujemy trzykrotne wzbogacenie w cysteiny wrażliwe na redoks w genach, które zostały uzyskane przez endosymbiotyczny transfer genów podczas pierwotnego pozyskiwania plastydów. Zdarzenie wtórnej endosymbiozy zbiega się z częstym wprowadzaniem reaktywnych cystein do istniejących białek. Podczas gdy pozyskiwanie plastydów wymusiło wzrost produkcji reaktywnych form tlenu, nasze wyniki sugerują, że towarzyszyło mu znaczne rozszerzenie RSP, zapewniające sieciom regulacyjnym redoks zdolność radzenia sobie ze zmiennymi warunkami środowiskowymi.

9. 6. 2017 (piątek) 15:00 Giorgio Gonnella, Centrum Bioinformatyki, Uniwersytet w Hamburgu

GFApy: wygodna i rozszerzalna biblioteka Pythona do obsługi wykresów sekwencji

Formaty graficznego składania fragmentów 1 i 2 (GFA1 i GFA2) są ostatnio zdefiniowanymi formatami do przedstawiania grafów sekwencji, takich jak grafy składania (grafy de Bruijna i grafy strunowe), grafy zmienności sekwencji i grafy składania genów. Formaty są przyjmowane przez kilka narzędzi programowych, w tym asemblery sekwencji, mapery odczytu, narzędzia do analizy wariantów i interaktywne narzędzia do wizualizacji.
Prezentujemy bibliotekę języka skryptowego do obsługi plików GFA w Pythonie (GFApy). Biblioteka pozwala użytkownikowi wygodnie analizować, edytować i zapisywać pliki GFA. Obsługiwane są również złożone operacje, takie jak oddzielanie niejawnych wystąpień powtórzeń i łączenie ścieżek liniowych. Ponadto bibliotekę można łatwo rozszerzać: pokazujemy przykład, jak zdefiniować niestandardowe typy rekordów do analizy metagenomicznej.
GFApy to pierwsza biblioteka pozwalająca na wygodną obsługę plików GFA za pomocą Pythona oraz pierwsza publicznie dostępna implementacja w dowolnym języku w pełni wspierająca specyfikację GFA2.

12.5.2017 (piątek) 15:00 Fernando Tria, Instytut Mikrobiologii, CAU Kiel

Zakorzenienie filogenetyczne przy użyciu minimalnego odchylenia przodka

Relacje przodek-potomek odgrywają zasadniczą rolę w teorii ewolucji. Relacje te determinowane są przez ukorzenienie drzew filogenetycznych. Istniejące metody ukorzeniania są utrudnione przez heterogeniczność tempa ewolucyjnego lub niedostępność pomocniczych informacji filogenetycznych. Przedstawiamy nowatorskie podejście do ukorzeniania, metodę minimalnego odchylenia przodka (MAD), która obejmuje heterotachię, wykorzystując wszystkie informacje topologiczne i metryczne w parach w drzewach nieukorzenionych. Pokazujemy tę metodę w porównaniu z istniejącymi metodami ukorzeniania poprzez analizę filogenezy z eukariontów i prokariontów. MAD prawidłowo odzyskuje znany korzeń eukariontów i odkrywa dowody na pochodzenie sinic w oceanie. MAD jest bardziej solidny i spójny niż istniejące metody, zapewnia pomiary jakości wnioskowania korzeniowego i ma zastosowanie do każdego drzewa o długości gałęzi.

10.3.2017 (piątek) 15:00 Malte Rühlemann, IKMB Kilonia

Badania asocjacyjne całego genomu mikroflory jelitowej człowieka

1800 osobników z północnych Niemiec, chcieliśmy zbadać wpływ zmienności genetycznej gospodarza na głównych członków mikroflory jelitowej, a także na ogólną różnorodność beta społeczności. Wyniki wskazują na pokrywanie się z wcześniej znanymi genami kandydującymi do interakcji między gospodarzem a mikroorganizmami z badań funkcjonalnych, współdzielenie z loci zidentyfikowanymi w badaniach asocjacyjnych zaburzeń zapalnych oraz nowe geny kandydujące rzucające nowe światło na mechanizmy wpływu genomu gospodarza na robaki w naszych jelitach .

10.2.2017 (piątek) 15:00 Axel Wedemeyer, Instytut Informatyki, CAU Kiel

Filtrowanie odczytów dla zespołu De Novo

Obecnie projekty sekwencjonowania często generują ogromne zbiory danych. Szczególnie w przypadku projektów jednokomórkowych konieczne jest sekwencjonowanie z bardzo wysokim średnim pokryciem, aby upewnić się, że wszystkie części próbki DNA zostaną pokryte przez wytworzone odczyty. Prowadzi to do zestawów danych z dużą ilością nadmiarowych danych. Zestawy danych metagenomicznych często wykazują wysoki zasięg w przypadku gatunków licznie występujących, a niski w przypadku gatunków rzadkich.

W przypadku montażu de novo asembler musi zrekonstruować informację genetyczną z samych tych zestawów danych, układankę składającą się czasem z miliardów elementów. Jest to wymagające zadanie, szczególnie biorąc pod uwagę ilość potrzebnej pamięci RAM. Popularne asemblery, takie jak metaSPAdes lub AllpathLG, regularnie potrzebują więcej niż 250 GB pamięci, jakie ma zwykły serwer w naszych czasach.

Ale czy wszystkie dane są niezbędne do rozwiązania problemu? Podstawową ideą naszej pracy jest odfiltrowanie zbędnych odczytów w celu zmniejszenia wymagań pamięciowych i czasowych procesu montażu. Decyzja, czy zachować, czy zrzucić określony odczyt, opiera się na schemacie liczenia probalistycznego dla k-merów (podłańcuchów odczytów o długości k) zaobserwowanych do tej pory oraz na wyniku phred. Chociaż wykazano, że metoda ta jest bardzo skuteczna w przypadku zestawów danych jednokomórkowych i transkryptomicznych, obecnie pracujemy nad dostosowaniem jej do zestawów danych metagenomicznych.

13.1.2017 (piątek) 15:00 Beate Slaby, GEOMAR Kiel

Binning metagenomiczny mikrobiomu gąbki morskiej ujawnia jedność w obronie, ale specjalizację metaboliczną

Gąbki morskie to pradawne metazoan, które są zamieszkane przez odrębne i bardzo zróżnicowane społeczności drobnoustrojów. W celu uzyskania głębszego wglądu w funkcjonalny repertuar genów gąbki śródziemnomorskiej Aplysina aerophobapołączyliśmy sekwencjonowanie z krótkim odczytem Illumina i długie odczytywanie PacBio, a następnie nieukierunkowane binowanie metagenomiczne. Zidentyfikowaliśmy w sumie 37 wysokiej jakości pojemników reprezentujących 11 typów bakterii i 2 typy kandydatów. Statystyczne porównanie genomów symbiontów z wybranymi genomami referencyjnymi ujawniło istotne wzbogacenie genów związanych z obroną bakterii (systemy restrykcyjno-modyfikacyjne, toksyna-antytoksyna) oraz genów zaangażowanych w kolonizację gospodarza i wykorzystanie macierzy zewnątrzkomórkowej u symbiontów gąbek. Porównanie genomu wewnątrz symbiontów ujawniło specjalizację żywieniową co najmniej dwóch gildii symbiontów, z których jedna wydaje się metabolizować karnitynę, a inne siarczanowane polisacharydy, z których oba są obficie występującymi cząsteczkami w macierzy zewnątrzkomórkowej gąbki. Trzeci gildia symbiontów może być postrzegana jako generaliści żywienia, którzy wykonują w dużej mierze te same szlaki metaboliczne, ale nie mają tak niezwykłej liczby odpowiednich genów. Badanie to charakteryzuje genomowy repertuar symbiontów gąbek w bezprecedensowej rozdzielczości i zapewnia lepszy wgląd w mechanizmy molekularne leżące u podstaw symbiozy drobnoustrojów z gąbką.

9.12.2016 (piątek) 15:00 Matthias Merker, Mykobakteriologia molekularna i eksperymentalna, Centrum Badawcze Borstel

Ewolucja wielolekoopornych szczepów gruźlicy w Europie Wschodniej

Czynniki bakteryjne sprzyjające bezprecedensowej epidemii gruźlicy wielolekoopornej (MDR-TB) w Europie Wschodniej pozostają niejasne. Przeanalizowaliśmy sekwencje całego genomu z 1436 klinicznych MDR Prątek gruźlicy złożone (MTBC) szczepy z różnych środowisk wschodnioeuropejskich. Zdecydowana większość (70%) zakażeń M/XDR-TB była spowodowana przez trzy blisko spokrewnione typy szczepów MTBC. Bayesowska analiza koalescencyjna wykazała, że ​​przed wprowadzeniem standaryzowanego leczenia gruźlicy pod koniec lat 90. istniały określone klony MTBC z wzorcami mutacji oporności kosztowej o niskiej sprawności (leki pierwszego i drugiego rzutu) w połączeniu z mutacjami kompensacyjnymi. Dominacja szczególnie dopasowanych i wysoce opornych szczepów stanowi dalsze wyzwanie dla stosowania standardowych schematów leczenia, w tym nowego, krótkiego schematu MDR-TB, i podkreśla potrzebę uniwersalnych, szybkich kompleksowych badań lekowrażliwości, zwłaszcza w warunkach dużego obciążenia.

11.11.2016 (piątek) 15:00 Silvio Waschina, Instytut Medycyny Doświadczalnej, CAU Kiel

Koszty i konieczność Czarnej Królowej: wpływ kompromisów metabolicznych na ewolucję struktury i dynamiki społeczności drobnoustrojów

Komórki drobnoustrojów często wymieniają kosztowne wyprodukowane metabolity z sąsiednimi komórkami w obrębie swoich społeczności – tworząc rozległą sieć współzależności, w której współistniejące organizmy pełnią uzupełniające się funkcje metaboliczne. Hipoteza Czarnej Królowej ma na celu wyjaśnienie ewolucji takich zależności poprzez utratę funkcji metabolicznych przez podgrupę komórek, podczas gdy funkcja jest zachowana przez współistniejące komórki, które dzielą podstawowy produkt funkcji. Testowanie tej hipotezy wymaga wiedzy na temat (i) konsekwencji sprawności metabolicznej utraty genów, a także (ii) kosztów związanych z biosyntezą wymienianych metabolitów. Jednak obie wielkości zwykle pozostają nieuchwytne.

Tutaj zajęliśmy się tym problemem za pomocą metod eksploracji danych i opartego na ograniczeniach modelowania metabolizmu bakterii. Oszacowania i przewidywania obliczeniowe zostały uzupełnione eksperymentami laboratoryjnymi Escherichia coli oraz Acinetobacter baylyi. Wyniki sugerują, że utrata warunkowo niezbędnych funkcji biosyntezy jest bardzo powszechna w naturalnych populacjach bakterii. Ta gwałtowna utrata funkcji anabolicznych może być wyjaśniona selektywnymi korzyściami utraty genów biosyntezy w obecności głównych metabolitów. Ponadto interakcje epistatyczne często wpływały na sprawność po utracie wielu genów. Zidentyfikowaliśmy również zależny od źródła węgla kompromis między kosztami produkcji różnych klas aminokwasów. Wiadomo, że takie biochemiczne kompromisy odgrywają kluczową rolę w ekologii i ewolucji drobnoustrojów, ponieważ współistniejące rody mogą wzajemnie oszczędzać koszty metaboliczne, specjalizując się w produkcji różnych podstawowych metabolitów. Podsumowując, nasze obserwacje wskazują na potencjalne przyczyny molekularne leżące u podstaw ewolucji współzależności metabolicznej i komplementarności w społecznościach drobnoustrojów.

14.10.2016 (piątek) 15:00 Astrid Dempfle, Instytut Informatyki Medycznej i Statystyki, CAU Kiel

Statystyczne aspekty interakcji gen-środowisko

Pojęcie interakcji gen-środowisko jest istotne zarówno w etiologii złożonych chorób, jak i w leczeniu spersonalizowanym. Podkreślone zostaną aspekty statystyczne w identyfikacji lub wykorzystaniu takich interakcji, w szczególności związane z projektowaniem badań i analizą statystyczną w celu identyfikacji genów choroby lub farmakogenetycznych badań klinicznych.

15.7.2016 (piątek) 15:00 Elisabeth Kaltenegger, Instytut Botaniczny, CAU

Interferencja między paralogami na poziomie białka wpływa na dynamikę po duplikacji genów

Wspólną cechą białek jest ich składanie w struktury homomeryczne, które działają jako jednostki funkcjonalne. Zwykle podjednostki pochodzą z jednego locus genetycznego. Gdy taki gen jest duplikowany, początkowo sugeruje się, że produkty genów wchodzą w interakcję krzyżową, gdy ulegają współekspresji, co prowadzi do zjawiska interferencji paralogu. W tym wykładzie przedstawię studium przypadku ewolucji białek, w którym interferencja paralogu po duplikacji mogła ułatwić neofunkcjonalizację jednego duplikatu. Zbadam również dalsze możliwe sposoby, w jaki ingerencja paralogu może kształtować los zduplikowanego genu i przedstawię dalsze ilustrujące przykłady. Jednym z ważnych wyników jest wydłużone okno czasowe, w którym obie kopie pozostają w trakcie selekcji, zwiększając szansę na akumulację mutacji i rozwój nowych właściwości. Tym samym ingerencja paralogu może pośredniczyć w koewolucji duplikatów.

13.5.2016 (piątek) 15:00 Fryderyk Bertels, Instytut Biologii Ewolucyjnej im. Maxa Plancka, Plön

Ewolucja równoległa w długoterminowym eksperymencie z HIV-1

Jedną z najbardziej intrygujących zagadek w biologii jest stopień powtarzalności ewolucji. Powtarzalność ewolucji lub równoległa ewolucja była badana w różnych systemach modelowych, ale rzadko była badana z klinicznie istotnymi wirusami. Aby zbadać równoległą ewolucję HIV-1, pasażowaliśmy dwie replikowane populacje HIV-1 przez prawie rok w każdej z dwóch ludzkich linii komórek T. Dla każdej z czterech powtórzonych linii określiliśmy skład genetyczny populacji wirusa w dziewięciu punktach czasowych, sekwencjonując cały genom. Mutacje, które były przenoszone przez większość populacji wirusów, wykazywały skrajny stopień ewolucji równoległej. W jednej z naszych linii ewolucyjnych wszystkie 19 mutacji większościowych występuje również w innej linii, ale pojawiają się w innej kolejności. Ten powtarzalny wzór ewolucji HIV-1 wskazuje na przewidywalny proces, który jest maksymalnie sprzeczny z neutralnością ewolucyjną.

15.04.2016 (piątek) 15:00 Marc Hoeppner, IKMB

Systemy workflow w bioinformatyce

W ciągu zaledwie kilku lat stale malejący koszt sekwencjonowania nowej generacji przekształcił biologię w jedną z najbardziej intensywnie przetwarzających dane dyscyplin badawczych na świecie. Chociaż era „big danych” obiecuje ekscytujące nowe spostrzeżenia, grozi również prześcignięciem naszej zdolności do zrozumienia zalewu informacji i efektywnego radzenia sobie z nimi. W tym przypadku szczególnym wyzwaniem jest wykorzystanie infrastruktur obliczeniowych o wysokiej wydajności i szczegółowe prowadzenie rejestrów (pochodzenie danych) niezbędne do dobrej praktyki naukowej. W ramach tej prezentacji omówię wyzwania związane z big data i omówię, w jaki sposób dedykowane systemy przepływu pracy mogą pomóc przyspieszyć bioinformatykę, w tym kilka praktycznych przykładów pokazujących, że przyjęcie takich specjalnie zaprojektowanych rozwiązań nie musi być skomplikowane.

11.3.2016 (piątek) 15:00 Sympozjum transkryptomiczne

  • Rainer Kiko (GEOMAR):
    Uwzględnianie różnicowej wydajności RNA w RNA-Seq: przykład widłonoga
  • Christian Wohle (IFAM, CAU):
    Analiza de-novo RNA-Seq organizmów niemodelowych: przykład otwornicy
  • Wentao Yang (Inst. Zoo, CAU):
    ABSSeq: nowa metoda analizy RNA-Seq oparta na modelowaniu bezwzględnych różnic ekspresji

12.2.2016 (piątek) 15:00 Dirk Fleischer, Kilonia Nauka o morzu

Zacznij mądrze — przechwytywanie danych w miejscu pochodzenia

15.1.2016 (piątek) 15:00 Tobias Lenz, Instytut Biologii Ewolucyjnej im. Maxa Plancka, Plön

Genomika ewolucyjna optymalnej adaptacyjnej odpowiedzi immunologicznej

11.12.2015 (piątek) 15:00 Steffen Möller, Uniwersytet w Rostocku

eQTL: przeplatanie się rozkładu choroby i repozycjonowania leku

Ekspresja QTL (eQTL) dalej opisuje loci genetyczne związane z chorobą ze współobserwowanymi zmianami w transkryptomie. Mając leki dobrane tak, aby skompensować zaburzenia wywołane dla pojedynczych loci, dla genotypowanego pacjenta z chorobą wieloczynnikową można uzyskać przepis na koktajl leków. Niniejsza prezentacja zawiera przegląd dostępnych obecnie zasobów i pojawiających się algorytmów, zilustrowanych na przykładach na danych mysich dotyczących eksperymentalnego autoimmunologicznego zapalenia mózgu i rdzenia, mysiego modelu zapalenia układu nerwowego.

13.11.2015 (piątek) 15:00 Wilhelm Hasselbring, Wydział Informatyki, CAU

Przepływy pracy dotyczące przetwarzania i publikacji danych naukowych

W tej prezentacji przedstawię trzy powiązane ze sobą tematy: (1) Nasze podejście PubFlow do automatyzacji obiegu publikacji danych naukowych. System zarządzania przepływem pracy PubFlow wykorzystuje ustaloną technologię. Integrujemy instytucjonalne systemy repozytoriów i światowe centra danych (w nauce o morzu). PubFlow automatycznie zbiera dane o pochodzeniu za pośrednictwem naszego frameworka monitorującego Kieker. W naszej ocenie w dziedzinie nauk o morzu współpracujemy z Centrum Badań Oceanicznych GEOMAR Helmholtz w Kilonii. (2) Przetwarzanie danych w genomice: krótko naszkicuję narzędzia bioinformatyczne, takie jak Bioconductor i Galaxy, i wskażę, w jaki sposób można je połączyć z zaawansowanymi systemami analizy danych do przetwarzania danych w skali internetowej, takimi jak MapReduce/Hadoop, w tym z naszym własnym narzędzia ExplorViz i TeeTime. (3) Dla dobrej praktyki naukowej ważne jest, aby wyniki badań mogły być odpowiednio sprawdzane przez recenzentów oraz ewentualnie powtarzane i rozszerzane przez innych badaczy. Oprócz danych omówię kod publikowania.

Prof. dr Wilhelm (Willi) Hasselbring jest profesorem inżynierii oprogramowania na Uniwersytecie w Kilonii. W klastrze kompetencji Software Systems Engineering (KoSSE) koordynuje projekty transferu technologii z (lokalnym) przemysłem.W klastrze doskonałości Future Ocean jest głównym badaczem i współkoordynatorem obszaru badawczego Ocean Observations.

9.10.2015 (piątek) 15:00 Anne Kupczok, IFAM CAU

Badanie heterogeniczności genetycznej w populacjach drobnoustrojów przy użyciu metagenomiki o wysokiej rozdzielczości

9.7.2015 (czwartek) 15:00 David Ellinghaus, IKMB Kilonia

Systematyczne badanie chorób krzyżowych pięciu przewlekłych chorób zapalnych

11.06.2015 (czwartek) 16:00 Corrina Breusing, GEOMAR

Łączność populacji i rozproszenie małży z Grzbietu Śródatlantyckiego

30.4.2015 (czwartek) 15:00 Elie Jami, IKMB Kilonia

Charakterystyka mikrobiomu żwacza bydlęcego od urodzenia do dorosłości i jego potencjalnego wpływu na fizjologię żywiciela

27.3.2015 (piątek) 15:00 Fabian Kloetzl, Instytut Biologii Ewolucyjnej im. Maxa Plancka, Plön

Efektywne szacowanie odległości ewolucyjnych

26.02.2015 (czwartek) 16:00 Oscar Puebla, GEOMAR, Kilonia

Genomowe atole różnicowania ryb raf koralowych (Hypoplectrus spp)

30.1.2015 (piątek) 15:00 prof. dr Christoph Kaleta, Instytut Medycyny Doświadczalnej, CAU Kilonia

Przetrwanie drobnoustrojów w trudnych warunkach — bądź szybki lub bądź towarzyski

18.12.2014 (czwartek) 16:00 dr Ben Krause-Kyora, IKMB CAU, Kilonia

Genomika drobnoustrojów ze starożytnego DNA

5.12.2014 (piątek) 15:00:Dr. Ingram Iaccarino, Instytut Genetyki Człowieka UKSH, Kilonia

Identyfikacja nowych graczy w dalszej kolejności w transformacji komórkowej indukowanej MYC

30.10.2014 (czwartek) 16:00 dr Julien Y. Dutheil, MPI Plön

Ewolucja chromosomu X naczelnych i specjacja człowiek-szympans.

26.9.2014 (piątek) 15:00:Dr. Giddy Landan, Instytut Mikrobiologii Ogólnej CAU, Kilonia

Początki głównych kladów archeonów odpowiadają pozyskiwaniu genów od bakterii.

13 wyższych grup taksonomicznych archeonów nieoczekiwanie odpowiada 2264 przejęciom genów specyficznych dla grupy z bakterii. Transfer genów międzydomenowych jest wysoce asymetryczny, transfery z bakterii do archeonów są 11-krotnie częstsze niż na odwrót

Transfery genów zidentyfikowane przy głównych przejściach ewolucyjnych między archeonami wyraźnie wskazują na pozyskiwanie genów dla funkcji metabolicznych od bakterii jako kluczowe innowacje w pochodzeniu wyższych taksonów archeonów.

Porównanie zbiorów drzew bez filogenezy referencyjnej.

Miary kompatybilności drzew dostrojone w celu wykrywania niepionowego sygnału LGT.

Statystyki do integracji danych warstwowych z małymi próbkami na warstwę.

267 568 genów kodujących białka: 134 zsekwencjonowanych genomów archeonów, w kontekście ich homologów z: 1847 referencyjnych genomów bakteryjnych.

2014, 6 czerwca, 15:00: dr Silke Szymczak, Instytut Klinicznej Biologii Molekularnej, CAU

Porównanie metod selekcji zmiennych w lasach losowych dla zbiorów danych genomowych

2014, 16 maja: prof. dr Anand Strivastav, Instytut Informatyki, CAU

Algorytmy strumieniowania dla problemów z dużymi danymi w bioinformatyce

2014, 27-30 kwietnia: Spotkanie satelitarne SMBE na temat ewolucji siatek drobnoustrojów

2014, 18 marca, 15:00: prof. David Bryant, University of Otago, Nowa Zelandia

Analiza filogenetyczna promieniowania gatunków przy użyciu SNP i AFLP. (Bio/Bioinformatyka/Genetyka)

Cuda technologiczne, takie jak sekwencjonowanie nowej generacji, oznaczają, że możemy teraz, w zasadzie, uzyskać dane SNP (polimorfizmu pojedynczego nukleotydu) od wielu osobników z wielu gatunków. Obiecuje to ogromne korzyści dla analizy genetycznej i filogenetycznej populacji, zwłaszcza gatunków blisko spokrewnionych lub słabo wyodrębnionych. Interesuje mnie, jak skutecznie i odpowiedzialnie analizować te dane. Opracowaliśmy algorytm, który szacuje drzewa gatunków, czasy dywergencji i rozmiary populacji od niezależnych (binarnych) twórców, takich jak SNPs. Metoda opiera się na teorii koalescencji (podobnie jak oprogramowanie BEAST), chociaż wykorzystuje sztuczki matematyczne, aby uniknąć konieczności uwzględniania wszystkich możliwych drzew genów. Jako metoda „pełnego prawdopodobieństwa” powinna być dokładniejsza niż alternatywne metody oparte na FST. Opowiem o naszych doświadczeniach ze stosowaniem tej metody do danych AFLP z roślin alpejskich oraz o kilku ostatnich odkryciach dotyczących użyteczności (lub bezużyteczności) danych SNP do szacowania wielkości populacji.

2014, 14 marca, 15:00: dr Till Bayer. GEOMAR

Analiza metagenomiczna 16S mikrobiomu koralowców

2014, 31 stycznia, 15:00: Dr. Johann-Mattis List, Forschungszentrum Deutscher Sprachatlas, Philipps Universität Marburg

Wykorzystanie bioinformatyki do badania bocznego komponentu ewolucji języka

Odkąd August Schleicher (1821-1868) po raz pierwszy zaproponował ideę, że historię języka najlepiej zwizualizować „bei dem Bilde eines such verästelnden Baumes”, pogląd ten był kontrowersyjnie dyskutowany przez językoznawców, prowadząc do różnych przeciwstawnych teorii, począwszy od teorii falowych. od scenariuszy ewolucyjnych do wczesnych propozycji sieci. Niechęć wielu uczonych do przyjęcia drzewa jako naturalnej metafory ewolucji języka była spowodowana sprzecznymi sygnałami w danych językowych: wiele podobieństw po prostu nie wskazywałoby na unikalne drzewo. W ciągu ostatnich dwóch dekad językoznawstwo historyczne przeżywało „rewolucję ilościową” i do danych językowych zastosowano wiele automatycznych podejść z biologii ewolucyjnej. Biorąc pod uwagę ważną rolę, jaką kontakt językowy i zapożyczenia leksykalne odgrywają w historii języka, zaskakujące jest to, że większość nowych automatycznych podejść w językoznawstwie historycznym zakłada ścisłe „ramy eukariotyczne” ewolucji języka i skupia się jedynie na rekonstrukcji drzew językowych. Będę argumentował, że „prokariotyczne ramy” ewolucji języka – oparte na podejściach sieci biologicznych, które pomagają odróżnić procesy pionowe od bocznych podczas ewolucji genomu – stanowią owocną alternatywę dla obecnej „dendrofilii” językowej i zapewniają pełniejszy wgląd w złożoność języka ewolucja.

2014, 10 stycznia, 15:00: prof. dr Bernhard Haubold, MPI Plön

Narzędzia bez wyrównania do porównywania genomów

Sekwencjonowanie całego genomu stało się rutyną. Jednak porównywanie całych genomów przez dopasowanie pozostaje wyzwaniem. Dlatego przedstawiam trzy szybkie programy komputerowe do porównywania niezrównanych genomów. Wszystkie trzy opierają się na obliczeniu długości dokładnych dopasowań między parami genomów. Tę ilość można sprawnie sprawdzić, indeksując sekwencje. Wyjaśniam, w jaki sposób łączymy indeksowanie genomu z modelowaniem matematycznym, aby konstruować programy do szacowania szybkości podstawienia parami, najbliższych lokalnych homologów i wykrywania rekombinacji.

2013, 29 listopada, 15:00: Sympozjum inauguracyjne II

Dr Steffen Möller, Institut für Neuro- und Bioinformatik, Universität zu Lübeck: Computational Biology @ Dermatology in Lübeck

Dr Volkmar Sauerland, Institut für Informatik, CAU:
Wprowadzenie: Optymalizacja dyskretna grupy badawczej

Dr Abhishek Kumar, AG Kempken CAU:
Grzyby morskie: Zastosowanie metod opartych na genomie nowej generacji i RNA-Seq do badania leków przeciwnowotworowych i innych naturalnych związków przeciwbakteryjnych.

prof. dr Tal Dagan, IFAM, CAU:
Wstęp: Zespół Mikrobiologii Genomowej
Instytut Mikrobiologii

2013, 8 listopada, 15:00: Sympozjum inauguracyjne I

Tal Dagan, Mikrobiologia genomowa, IFAM CAU: Wprowadzenie

Andre Franke, CAU: Instytut Klinicznej Biologii Molekularnej

Georga Hemmricha, CAU: zasoby bioinformatyczne

Ingo Thomsen, IKMB: Git i serwer Git

Bernhard Haubold, MPI Plön: rekonstrukcja filogenezy bez wyrównania

Ke Xiao,Instytut Hodowli Roślin, CAU: Identyfikacja genów pośpiechu buraka cukrowego poprzez resekwencjonowanie całego genomu



Uwagi:

  1. Nirisar

    Myślę że się mylisz. Oferuję to omówienie.

  2. Paegastun

    Szkoda, że ​​teraz nie mogę wyrazić - spóźniłem się na spotkanie. Wrócę - koniecznie wyrażę opinię na ten temat.

  3. Isdernus

    Wacker, fantastyczny))))

  4. Marisar

    Uważam, że nie masz racji. Zapewniam. Napisz do mnie na PW, porozmawiamy.



Napisać wiadomość